יעקב דוד הרצוג נולד בדבלין, אירלנד, בכ׳ בכסלו תרפ״ב, 11 בדצמבר 1921 לאביו הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג, לימים הרב הראשי לארץ ישראל ואמו, שרה לבית הילמן. עלה לארץ מדבלין ב-1939 לאחר שהשלים את לימודיו בביה״ס התיכון והצטרף להוריו שכבר היו בארץ מ-1937. בנוסף לתורה, שלמד בבית אביו, למד הרצוג תורה במכון הרי פישל בירושלים, ופירסם תרגום ופירוש באנגלית לשלוש מסכתות (ברכות, פאה, דמאי) (1945), כחלק מתוכנית, שלא הושלמה, לבאר את המשנה כולה. את הסמיכה לרבנות קיבל מרבי איסר זלמן מלצר (1948).
    בטרם החל בפעילות מדינית משלו, עסק הרצוג בדיפלומטיה, כשנלווה אל אביו במפגשיו, הן עם ראשי מדינה והן עם ראשי כמורה. את פעילותו המדינית החל, כשהצטרף להגנה (1946), ועסק בגיבוש ולִבּוּן של הערכות בינלאומיות ובפעולות מודיעין. במסגרת זו אף שימש כמתווך בין האצ״ל להגנה.
    עם קום המדינה מונה הרצוג ליועץ לענייני ירושלים ולראש המחלקה לעדות הנוצריות במשרד הדתות שבראשות הרב י״ל מימון (1948–1954), ובמקביל (מ-1950) שימש יועץ לענייני ירושלים גם במשרד החוץ. בתקופה זו פעל הרצוג למנוע את בינאום ירושלים, ועסק ברכישת קרקעות, שהיו ברשות הכנסיה היוונית־אורתודוכסית בירושלים.
    היה ראש מחלקת ארה״ב במשרד החוץ (1954–1957); ציר בשגרירות ישראל בוושינגטון (1957–1960); שגריר ישראל בקנדה (1960–1963); סמנכ״ל משרד החוץ (1963–1965) ומנכ״ל משרד ראש הממשלה (1965–1972).
    היה אחראי על טיפוח ופיתוח הקשרים בין ישראל לוותיקן וסלל את הדרך לביקורה של ראש הממשלה גולדה מאיר אצל האפיפיור (1972) ולימים לכינון היחסים הרישמיים בין ישראל לוותיקן (1994). ניהל שיחות חשאיות עם חוסיין (מ-1963), שיחות, בהן נזרע הזרע להסכם השלום העתידי בין ישראל לירדן (1994). במהלך פעילותו המדינית היה הרצוג יועץ לארבעה ראשי ממשלות ישראל — בן־גוריון, שרת, אשכול וגולדה מאיר — כשהוא משמש יד ימינו של בן־גוריון בזמן מבצע סיני ושל אשכול בזמן מלחמת ששת הימים.
    במקביל לפעילותו המדינית למד משפטים וקיבל תואר מוסמך מהאוניברסיטה העברית (1954) ותואר שלישי מאוניברסיטת אוטבה (1963). בנוסף לכך קיבל תואר דוקטור של כבוד מאוניברסיטת־ישיבה בניו־יורק (1963).
    בעת שהותו כשגריר באוטבה ערך ויכוח פומבי עם ההיסטוריון האנגלי הנודע פרופ׳ ארנולד טוינבי במונטריאול (31 בינואר 1961) בעקבות השוואה שעשה טוינבי בין היחס של ישראל לערבים ב-1947–1948 לבין הטבח שעשו הנאצים ביהודים ובעקבות טענותיו שלעם היהודי אין זכות היסטורית על א״י ושהעם היהודי הוא ״שריד מאובן״ של תרבות שנכחדה. את ההשוואה לנאצים ביטל הרצוג בין השאר כשהבחין בין טבח שנעשה בתכנון קר ומחושב לבין סבל שנבע מנסיבות של מלחמה ואת הטענות על העם היהודי ביטל כשהצביע על רציפות הישוב היהודי בא״י על השאיפה של העם היהודי בגלות לשוב לארץ ישראל ועל הפלא שבהקמת המדינה היהודית בארץ-ישראל למרות אלפי שנות גלות. במהלך הויכוח ואף אח״כ נסוג טוינבי מחלק מעמדותיו.
    הייחוד של העם היהודי היה מוטיב מרכזי במשנתו של הרצוג. העם היהודי לפי הרצוג הוא תופעה מיוחדת במינה ואין לשפוט אותו על פי הכללים המקובלים של ההיסטוריה האנושית. אם מקבלים הנחה זו סבר אי אפשר לכפור בתביעה של היהודים לארץ-ישראל ואי-אפשר  לדחות את זכותם לארץ מפני זכות ההגדרה העצמית של הערבים.
יעקב הרצוג היה נשוי לפנינה (לבית שחור) ולזוג שלושה ילדים (שירה, אליעזרה ויצחק). יעקב הרצוג נפטר בכ״ג באדר תשל״ב, 9 במארס 1972.

[נכתב על ידי אליעזר הרצוג עבור אנציקלופדיה של הציונות הדתית (כרך ו' (תשס"א 2000))]
[מקורות נוספים: תדהר, ויקיפדיה]