פטירתו של פרופ' יוחנן אהרוני היא אבידה שאין לה שיעור לחקר הארכיאולוגיה, המקרא והגיאוגרפיה ההיסטורית של ארץ־ישראל. אהרוני הסתלק במלוא אונו המדעי, ועל ערש־דווי, בחודשים האחרונים ממש, השלים כמה חיבורים חשובים והכין לדפוס חיבורים נוספים. מפעלו המדעי רב־ההיקף של אהרוני החל לפני כ־26 שנה. ברשימת פרסומיו עד 1970 נכללים 75 ספרים פּופּוּלאריים ומאמרים בכתבי־עת מדעיים, ולכך יש להוסיף ספרים ומאמרים בעיתונות היומית, בעיקר ב’למרחב' וב’דבר'. כתיבה זו קרבה דור שלם של אזרחי הארץ לתולדות הארץ ועתיקותיה.

לאהרוני, תלמידו המובהק של פרופ' בנימין מזר, היתה עבודת־השדה הארכיאולוגית הבסיס לעבודתיו המדעיות, אותה שילב עם הנתונים הגיאוגרפיים וההיסטוריים. בעבודת־הסקר הממושכת שלו בגליל, שלוּותה בחפירות, קבע אהרוני את אופייה של התנחלות שבטי ישראל בגליל הגבוה, מצפון לערים הכנעניות הגדולות. בספר שכתב על נושא זה (‘התנחלות שבטי ישראל בגליל העליון’, תשי"ז), דן אהרוני גם במקורות המצריים העוסקים בגליל העליון ובשאלות גיאוגרפיות־היסטוריות נוספות, דיונים שהחוקרים נזקקים להם עד היום. הסקרים הרבים, באופן יחסי, הנערכים בארץ בעשור האחרון, הולכים במידה רבה בעקבות שיטתו של אהרוני. סקר הגליל העליון, שאהרוני כתב עליו את עבודת הדוקטור שלו, היה המשך לסקריו הקצרים בנחלת דן, בערי השפלה ובנגב, שעליהם כתב מאמרים ב’ידיעות החברה לחקירת ארץ־ישראל ועתיקותיה' יחד עם רות עמירן ואחרים.

פעילותו של אהרוני התפרסה על־פני כל הארץ: כארכיאולוג מחוז הצפון באגף העתיקות חשף חוות־נזירים מן התקופה הביזאנטית בבית־השיטה ופרסם חמש אבני־גבול ביוונית ממורדות הגולן.

כאוהב מושבע של הנגב פרסם בכרכי ‘ארץ ישראל’ מאמרים על הדרך הרומית לאילת ועל ארץ גרר. בקובץ ‘יהודה וירושלים’ כתב על נגב יהודה, האיזור שהקדיש לו שנים רבות. הוא השתתף בסקר עין־גדי ושרידיה ובחפירות מצדה הראשונות. סמוך לתחילת פעולתו המדעית, בראשית שנות ה־50, כבר יצא לו שם של בקי בגיאוגרפיה היסטורית והוא הוזמן להיות בין המשתתפים בכרך ב של האנציקלופדיה המקראית. מאז התמיד בכתיבת ערכים, בעיקר על מקומות בארץ, באנציקלופדיה זו ובאחרות. לאחר ‘מבצע קדש’ סייר בסיני ופרסם את מאמרו ‘קדש ברנע והר סיני’ (בתוך ‘תגליות סיני’ של ב' רותנברג). בוויכוח על נתיב יוצאי מצרים במדבר ועל מקומו של הר סיני נטש אהרוני כמה דעות מוסכמות וקיבל תיאוריה חדשה. לדעתו היה נתיב היוצאים ממצרים בצפון סיני, כדעה המודרנית, אך הר סיני היה בדרום, במקום שבו קבעה אותו המסורת (ייתכן שדעה זו נתחזקה בעת האחרונה במידת־מה לנוכח ממצאי חפירות כונתילת עג’רוד).

אהרוני היה אחד מראשי משלחת חצור, שפרופ' יגאל ידין היה מנהלה. הוא היה אחראי לחשיפת השער וחומת־הסוגרים וקבע את זמנם לימי שלמה. עבודה זו הסתיימה בוויכוח בין ידין ואהרוני על פירושם של דברי המקרא ועל זמנו של הכיבוש הישראלי בחצור. שני אנשי המדע היו חלוקים בדעותיהם במשך שנים על כמה נושאים חשובים בארכיאולוגיה של ארץ־ישראל.

חפירתו העצמאית הגדולה הראשונה של אהרוני היתה ברמת־רחל, שבה חשף ארמון מפואר של אחד ממלכי יהודה. החפירה הניבה חומר אפּיגראפי רב, ואהרוני – שמאמרו השני שהתפרסם היה ‘כתובת עמונית חדשה’ (באנגלית, ב־.I.E.J) – כתב בין השאר גם על ‘טביעות־חותם עבריות מרמת־רחל’. האפּיגראפיה היתה אחד התחומים שבהם הגיע לבקיאות רבה ו’כתובות ערד', שנתפרסם לא־מכבר, הוא ספר־יסוד באפּיגראפיה העברית הקדומה. ספר זה זיכה אותו בפרס יצחק בן־צבי.

חפירותיו במערות נחל חבר הצילו מימצאים, בעיקר קטעי תעודות ותפילין, מידי הבדואים שהיו עוברים את הגבול וחומסים אותם. אהרוני הלך ‘בעקבות מלכים ומורדים’ (שם הספר שכתב עם ב' רותנברג על פעולותיו במדבר יהודה), על־פני תהומות מסוכנים, כמעט ללא תקציב ובתנאים קשים, אך עם אנשים נאמנים, ביניהם רבים אנשי התנועה הקיבוצית שבה צמח (באלונים) וידידים מימי הדרכתו בסניף הנוער־העובד בירושלים ומטיולים שהדריך בכל רחבי הארץ. נקודה זו של שיתוף מתנדבים ראויה להדגשה נוספת מפני שהיא מהווה את אחת הנקודות המאפיינות את המחקר הארכיאולוגי בארץ עד היום. דלתו של אהרוני היתה פתוחה עד שנתו האחרונה בפני נאמני עתיקות מן הצפון ומן הדרום שגילו שרידים ואתרים ובאו לשמוע מאהרוני על תגליותיהם.

אחרי שאהרוני הראה שיש מה להציל במערות מדבר יהודה יצאו אליהן המשלחות הגדולות, המצוידות כראוי. אהרוני היה אחד מראשיהן, אך בדרך־מקרה לא בחלקו עלו הממצאים הגדולים והחשובים.

עבודותיו ומחקריו על ארץ כבול, על מחוזות ישראל ויהודה ועל שבטי יששכר ומנשה בעמק בית־שאן היו רק כמה מעבודות הרקע לפרסום ספריו החשובים ‘ארץ ישראל בתקופת המקרא – גיאוגרפיה היסטורית’ (תשכ"ג) ו’אטלס כרטא לתקופת המקרא' (1964), שהופיעו בהדפסות רבות, ובמהדורות מיוחדות באנגלית.

בחודשי חייו האחרונים השלים אהרוני כתיבת מהדורה מעודכנת ומחודשת של הספר על הגיאוגרפיה ההיסטורית, ולא מכבר הוציא מהדורה מעודכנת של האטלס, שני ספרים המשמשים כל שוחר ידיעת הארץ וחקירתה.

גילוי המצודה ובה המקדש והבמה שנחשף בתל־ערד עורר בזמנו הד רב. בעקבות גילוי המקדש וגילוי המבנה בלכיש (בחפירת ‘מקדש השמש’ ששיער כי היה מקדש ישראלי) הציע אהרוני את התיאוריה שלו על ‘מקדשי הגבול’. מאז נשאר קשור לנגב, וחפירותיו בבאר־שבע היו חלק מפרויקט מחקר אזורי, של בקעת באר־שבע. אף בבאר־שבע חיפש אהרוני את המקדש, שממנו נתגלה עד־כה כנראה רק המזבח. כבר לפני 20 שנה ויותר חקר אהרוני את ‘דרך אדום’ המקראית, מחקר שנקשר אחר־כך בתוכנן של תעודות ערד.

בשנים האחרונות חזר אל אהבתו הישנה, ימי ההתנחלות, ונטה להקדים את ראשית חדירת בני־ישראל לכנען והתנחלותם למאה הי"ד לפנה"ס. הוא שיער שהבאר שנחשפה בתל באר־שבע היא־היא ‘באר אברהם’, וכי סיפורי האבות שבמקרא על באר־שבע ובארה שייכים לימי ההתנחלות. בעקבות הממצא בתלי הנגב העלה אהרוני את הרעיון שבימי ‘איש הישר בעיניו יעשה’ ו’מלך אין בישראל', בימי השופטים, זכו היישובים בנגב לשגשוג.

ב־1958 פרסם אהרוני יחד עם רות עמירן הצעה לחלוקה מחדש של תקופת הברזל, התקופה הישראלית בארץ. שנה לאחר מכן כתב על חומות הסוגרים ביהודה ובישראל ולפני שנים אחדות – על שיטת החפירה הישראלית. בכל אלה פגש ועסק בחפירותיו, ובעקבותיהן קבע עמדה והשתתף בוויכוח. על ערש־דווי השלים כתיבת ספר על הארכיאולוגיה של ארץ־ישראל (עד עתה התפרסמו רק עבודות חלקיות של חוקרים ישראליים בנושא זה). אהרוני לא זכה לראות בדפוס עבודה זאת, שרבים מצפים לה.

בשנת תשיי"ב סייר אהרוני בתלי הנגב הצפוני והציע לזהות את תל הרור (אבו־הורירה) עם גרר המקראית. עם השלמת החפירות בתל באר־שבע, התכונן להתחיל בחשיפת תל הרור. עוד עדות למרצו הפורה של אהרוני מהווים כרכי חפירות ערד ובאר־שבע ומאמרים נוספים שאהרוני השלים או עסק בחיבורם טרם מותו. טוב שידע להעמיד תלמידים רבים, ממשיכי דרך וחברים לעבודה במכון לארכיאולוגיה באוניברסיטת תל־אביב, שיסד וניהל במשך שנים רבות, ובשאר מוסדות המחקר, שיוכלו להשלים את מחקריו ולהמשיך בנתיב המחקר אשר פילס.