הוא היה אדם ניכּר בחוץ ובבית-המדרש. בשערותיו הארוכות והפרועות, במצנפתו שנטתה תמיד לצד ימין, בעיניו הגדולות והמשוטטות, בשני זנבות זקנו, שאחד מהם קצר מחברו, ובפיו העקום מעט היה מושך אליו עיני כל מי שפגשהו. את התרשלותו אין לשער. גם כפתור אחד לא נמצא על בגדו; וכשהיה הולך שוליו נפשלים לאחור. בחורף ובקיץ היה מקום משכנו על יד תנור-החורף; נושך הוא לרוב את קצה זקנו או יושב הוא נשען על ידו השמאלית וחושב.. כי רפאל בן נחמן – כן שם גיבורנו – חושב מחשבות, ידע כולי עלמא, אבל חשבוהו גם כן ל“קצת משוגע”. – הוא היה רגיל לשתוק ולא התערב בין חברים. גם עם הציבור לא התפלל; והיה ממתין עד כי יצא כל העם, אז עמד, פתח את הסידור והתנועע בלחש לפני “מחויב המציאות”…
בערב ובבוקר, בעלות השמש ובבוא השמש, אז בעת כל חי למינהו מרגיש בלבבו מה. היה כאיש נדהם יושב דוּמם במקומו; לעומת זה התעורר בו תמיד איזה דבר בבוא הצהרים והמאור הגדול עומד ברום רקיע ומולך בכל כיפת השמים. רפאל היה מרבה לעשן, אבל עשה זאת בלי כוָנה ובלי יחוד. – בשעה כזו היה קופץ ממקומו, סובב בכל פינות בית-המדרש, יושב וקם, קם ויושב; והוא מעשן בלי הרף, ומרגיש בכל דחיפה כאילו הוא מסיר חבלים מעליו… הוא גם היה רץ מחלון לחלון, מסתכל באוירים השמימיים ולבו עולה…
רפאל בו נחמן היה עמל למצוא פשר לסודות הראב“ע, זה החושב האלהי והפרשן הגדול… ולדבר הזה הקדיש עתותיו. מה עוד לאנוֹש עלי אדמות אם בצרופי-מחשבה כאלה הוא עוסק? והוא גם הוא לא אבה שעמוֹ תמות חכמה, והעלה לעתים רחוקות את רעיונותיו על הכתב… ענין הכתיבה, כתיבה לדורות, דבר רב הוא, ולא בכל שעתא ושעתא בא רוח-ההגיון לשכון באוהל-בן אדם. הוא היה כותב באותיות קטנות מאד, וכתב-ידו יפה עד להפליא; וכשהיה עוסק במלאכתו זו, מלאכת-הקודש, לקח את הנייר, הדיוֹ והעט, עלה, וחומש ישן נושן עם ביאור הראב”ע בידו, לעליה או לעזרת-הנשים, סגר את הדלת בעדו, התמהמה שם איזו שעות, כתב ומחק, כתב ומחק, עד כי מילא בהגיגיו עמוד אחד או חצי-עמוד. לפעמים יצא עם כלי-הכתיבה שלו גם אל בשדה או אל שפת-הנהר, וישב שם על אבן ושׂירטט לפניו דברי מסיבות ההוָיה. הוא “כמשׂכּיל ובעל שכל פועל” מעלה את הביטויים של סגולות-המחשבה עלי גיליון. עין לא ראתה מה שכתב וחרט אז; אין איש מסביבו שיזכה לכך.
כרבע דוֹר שלם עבד רפאל בביאוריו על הראב"ע; הוא כבר גמר את מלאכתו בספר בראשית ובספר שמות, ואמר לפרש את הרזין בשאר חלקי התורה; והנה נבקע מזלו וניטל ממנו “תוכן חייו” וישאר ריק ככלי יוצר אשר לא יצלח עוד…
מוכר ספרים אחד בא לעיר מגוריו ויסדר ספריו וחפציו על הספסל הרחב בבית-המדרש. שמים וארץ, כַּסו את כאבו של הפותר! ספר קטן נוצץ מבין הספרים; ועל השער כתוב: “מגלה סוד”, לאמור – ספר כולל פתרונות לסודות הראב"ע… מי הזיד להרים את הצעיף לפני בוא רפאל דנן? מי העיז להקדים אותו, לבוא במפתחו אל השער הסגור? —
שלהי דקיץ היה. האילנות משירים עליהם. דממת השקט באויר, אבל אם ילך אדם וירכין אזנו אז ישמע מה במרחבי העולם. וכשנס רפאל מפני מוכר-הספרים חוּצה הרגיש ריקות נוראה לפניו… אין מוּשׂכּלוֹת ואין עיון, נדעך אור נשמתו… עצוב הוא עד אין שיעור… הוא הולך הלוך וסוב, מבלי דעת אנה יפנה ולאן ישים פעמיו. מה לך עוד בחלל העולמות? הוא חי לבטלה וילך מכאן באפס-מעשה. כי ימות אַל תציבו לו ציון. הוא נפל מלוא קומתו חוץ משער העיר ובכה. בכה…
מני אז חייו רק צל עלי אדמות.