יליד ירושלים. למד בחדר ובישיבה והוסמך לרבנות. בוגר ומוסמך האוניברסיטה העברית בספרות עברית ומקרא ובעל תואר דוקטור מטעם אוניברסיטת בר-אילן. לימד באוניברסיטאות בן-גוריון בנגב, אוניברסיטת חיפה, בר-אילן ובמכללת בית ברל בדרגת מרצה בכיר, וכן באוניברסיטת שיקגו בארצות הברית. פירסם רומנים, סיפורים ומאות מאמרים בתחומי המקרא, מדרשי האגדה והספרות. ערך כתבי-עת שונים והיה חבר ויו"ר מערכת כתב העת "מאזנים" של אגודת הסופרים. שימש גם כשופט בתחרות פרס ביאליק. ב-1968 זכה בפרס אקו"ם על יצירה בעילום שם.
נפתלי טוקר נפטר בירושלים בכ"א באלול תש"ע, 31 באוגוסט 2010.
[מקורות:
גרנות]