שמואל רפאלי (רפאלוביץ) נולד בבוהופול, פודוליה (כיום פרוומייסק [Первомайськ - Pervomais'k] אוקראינה) בט"ו בטבת תרכ"ז, 23 בדצמבר 1866. למד בילדותו ב"חדר" (יחד עם מיכה יוסף ברדיצ'בסקי) ולמד גם לימודי חול ברוסית והתכונן לכניסה לבית-ספר תיכון. עם הפוגרומים ("סופות בנגב") ב-1882 עלתה המשפחה ארצה והתיישבה בירושלים. רפאלי למד בירושלים בישיבת "עץ חיים" בהדרכת הרב משה נחמיה כהנוב.  רפאלי התעמק בספרות החדשה ולמד שפות זרות, ובמיוחד הצטיין בידיעת אנגלית. ניסה ללמוד שחיטה אך לא הצליח. בתרמ"ו נשא לאשה את חנה בילה בת מאיר חיים בן המדפיס ר' ניסן ב"ק. הצטרף לחותנו בצאתו לרגל עסקיו לאנגליה, עסק במסחר זעיר ללא הצלחה מרובה ובתרמ'''ט חזר לירושלים ונעשה חלפן בעיר העתיקה. בתר"ן יסד יחד עם שלמה אפשטיין עיתון ביידיש בשם "דער ארץ-ישראל יוד'', ואחרי השתתפתו בעריכת שני גליונות, פרש ממנו. תוך התעסקותו בחלפנות היו פלחים מביאים אליו מטבעות עתיקות שמצאו באדמה בסביבת כפריהם. הוא קנה מטבעות מכל הסוגים, התמחה מתוך ספרים בחקר המטבעות העתיקות וגילה את המטבעות העבריות של החשמונאים ובר-כוכבא ואת המטבעות של מושלי בית הורדוס וזרים, שהיו עוברים לסוחר, והגיע למומחיות רבה במקצוע. ייסד יחד עם גצל סופר עסק ליצוא עתיקות והיו מוכרים עתיקות למוזיאונים ולאספנים פרטיים בחו"ל, בעיקר באנגליה. ב-1899 הוביל ללונדון מטען של עתיקות למכירה והתישב שם זמנית. פתח בעזרת ידידים משרד לנסיעות והשתתף גם בעסקנות ציבורית וציונית. השתתף באספת חובבי ציון בלונדון, שהתכנסה כדי להכריע בדבר הצטרפות לציונות המדינית של הרצל. כתב בקביעות ב"היהודי" הלונדוני. היה חבר באגודת "המכבים הקדמונים" ואחר-כך השתתף ביסוד סניפה הירושלמי ועמד בראשה. ב-1905 יצא מלונדון לניו-יורק וב-1907 חזר ארצה. נתמנה למנהל סניף חברת-היינות "כרמל" בירושלים והמשיך בעבודתו זו עד סוף מלחמת-העולם הראשונה. מ-1919 עד 1922 היה מנהל אדמיניסטרטיבי של בית החולים "הדסה" בירושלים, ואח"כ היה מפקח במוזיאון הממשלתי על אוסף המטבעות העתיקות שמכר לממשלה. למוזיאון הלאומי "בצלאל" העניק אוסף של מטבעות עתיקות, הנקרא על שמו. השתתף בהרבה פעולות צבוריות ותרבותיות. היה ממייסדי החברה העברית לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה, ואח בלשכה הירושלמית של "בני ברית". תוך התעסקותו במסחר היה מקדיש הרבה מזמנו וממרצו לחקירת המטבעות וקדמוניות ארצנו בכלל. בחקר המטבעות נעזר במקורות העתיקים שבספרות התלמודית, ובזה היה לו יתרון על החוקרים הלא-יהודים. את תוצאות חקירותיו פרסם בספרו היסודי "מטבעות היהודים" (ירושלים, תרע"ג). חוץ מזה פרסם הרבה מאמרים ומחקרים ברבעון האנגלי לחקירת ארץ-ישראל, ב"ירושלים" של א. מ. לונץ, ב"לוח אחיאסף", ב"כנסת" של שפ"ר, וכמה מהם יצאו אף כתדפיסים מיוחדים (במיוחד כדאי להזכיר את חיבורו בשם "הארץ לפני כיבוש יהושע"בו תירגם טקסטים הנוגעים לתקופה קדומה זו (תר"ע-תרע"ב)). רפאלי גילה גם משקלות עתיקים ("חמשת" ו"פים"). כתב בקביעות בעיתונים הירושלמים "החבצלת" ו"הצבי" ותרגם בשביל עיתוני ירושלים סיפורים ורומנים משפות לועזיות, שמקצתם יצאו גם בצורת ספרים ("העורת", "חרב נוקמת", "מפרנקפורט ועד בגדד" ועוד), ובעת שבתו באנגליה תירגם את הסיפור "חטאת הקהל" להול קיין. פרסם ב"דואר היום" זכרונות מחיי הישוב האשכנזי בארץ מלפני עשרות שנים. תרגם בפרוזה את "גן-העדן האבוד" לג'והן מילטון בשם "ויגרש את האדם" ("תולדות אדם וחוה"). שמואל רפאלי נפטר בירושלים בז' בכסלו תרפ"ד, 15 בנובמבר 1923.
[מקורות: קרסל, תדהר]

• משפיל גאים, או, שרש ישי : חזיון על מגלת רות בתשעה מחזות עם הערות בקצה החוברת (ירושלם : דפוס י. גאשצינני, תרמ"ד)
• קדמוניות היהודים במלבר / עפ"י מקורים נאמנים (ירושלם : אברהם משה לונץ, תרס"ב 1901) 
• מלחמות הפלחים בא"י במאתים שנה האחרונות : עפ"י דברי החכמים מקליסטר, מסטרמן ובלדנספרגר מכתבי ידות ערביים (ירושלם : דפוס א"מ לונץ, תר"ע) <תדפיס מתוך ה"ירושלם" כרך שמיני>
• הארץ לפני כבוש יהושע (ירושלם : דפוס הרא"מ לונץ, תר"ע-תרע"ב)
• מטבעות היהודים : ספר כולל תלדות המטבעות בישראל עם ציורים תמונות ולוח הא"ב (ירושלים : דפוס הר"ש הלוי צוקערמאן, תרע"ג) <כולל פתח דבר "תורה מציון" מהמו"ל אפרים דיינארד>
• מפרנקפורט עד בגדד : ספור מדברי ימי הבינים בשני חלקים (ירושלם : דפוס ש"י שיריזלי, תרפ"ד) <מהדורה שנייה> <התוכן: חלק א. העורת -- חלק ב. חרב נוקמת> <תורגם לערבית-יהודית>
• כתאב חאלת אליהוד פי פרנקפורט : יחכי פי קוות אלצלם ואלעדאב אלדי כאן יתעדדא עלא אליהוד ... פי ברור אשכנז (ג'רבה : דפוס עידאן-כהן-צבאן-חדאד, תשי"א 1951) <בתרגומו של שאול מקיקץ שלי>

• תולדת אדם וחוה : חטאם בעץ הדעת, השתלשלות הסבה להחטא הזה, יסופר בדרך ספור חזיוני / מאת יאהאן מילטון (ירושלם, תרנ"ב)
• בריטניה הגדולה ותחית ישראל בארצו / מאת א"מ חיימסון (ירושלם : דפוס רפאל חיים כהן, תרע"ט) <בראשה דברים אחדים מאת מרדכי בן הלל הכהן>