יצחק שטנר, גיאוגרף וגיאומורפולוג, נולד בפצניזין, שהייתה אז חלק מהאימפריה האוסטרו־הונגרית (כיום בתחומי אוקראינה), בי״ט באלול תר״ס, 13 בספטמבר 1900. בשנת 1920 סיים את לימודי התיכון שלו, ומיד לאחר מכן החל ללמוד באוניברסיטה, שם התמקד בגיאוגרפיה והיסטוריה, ועבד במכון הגיאוגרפי עם פ. מצ׳טשק. בשנת 1925 קיבל תואר דוקטור לפילוסופיה.
במקביל ללימודיו, החל שטנר להתעניין בפעילויות ציוניות שהפכו בהמשך למרכזיות בקריירה שלו. בשנת 1926, כדי להתכונן לעלייה לארץ, עבר הכשרה חקלאית תיאורטית ומעשית, אך נאלץ להפסיקה בשל בעיות בריאות. בהמשך, למד בבית־ספר מקצועי בתחום הבנייה, וסיים ב־1928 עם תעודת ״מוסמך בניה״ (Baumeister), ועבד בתחום זה בווינה במשך שנתיים. בשלב זה היה ברור לו שתחיית העם היהודי בארץ תכלול מרכיב מדעי משמעותי, ולכן המשיך בפעילותו האקדמית במכון הגיאוגרפי של אוניברסיטת וינה. כחוקר מן המניין, ערך מחקרים רבים בשטח ברבות ממדינות אירופה ופרסם עבודות גיאוגרפיות על סיביר וליטא. עם זאת, האקלים הפוליטי באירופה וההגבלות על יהודים בתחום המדעי דחפו אותו לעלות לארץ ב־1936.
בארץ, עבודתו המקצועית הראשונה כללה מיפוי במשרה חלקית במחלקה לגיאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים וייעוץ לסוכנות היהודית בפרויקטים התיישבותיים. בשנות ה־30 וה־40, כשהגיאוגרפיה לא הייתה מפותחת בארץ, העביר שטנר בעיקר שיעורים בגיאוגרפיה במכללות להכשרת מורים ובבתי ספר תיכוניים בתל אביב ובירושלים. בנוסף, העביר קורסי קיץ רבים בקיבוצים שונים וארגן טיולים לימודיים לחבריהם. במקביל, המשיך במחקריו למרות הקשיים, ופרסם ב־1951 את עבודתו על ההיסטוריה הכרטוגרפית של ארץ ישראל. הוא גם חקר את הקשר בין קרקע להתיישבות, ופרסם מספר מאמרים על חיפה בסוף שנות ה־30, ואת העבודה הסופית בנושא ב־1954.
בשנים אלו תרם רבות לביטחון, וב־1947 היה אחראי על חטיבת המפות ותצלומי האוויר של ההגנה בירושלים, ובהמשך היה ראש מחלקת פיענוח תצלומי אוויר בצה״ל בראשית דרכו.
הצטרפותו של שטנר למחלקה הצעירה לגיאוגרפיה באוניברסיטה העברית, תחילה כמרצה חיצוני במשרה חלקית וב־1952 כמרצה בכיר קבוע, סימנה נקודת מפנה בהתפתחות הגיאוגרפיה בישראל והובילה לתקופה של שינוי מהיר בלימוד ובמחקר. הוא המשיך לעסוק בגיאומורפולוגיה, כרטוגרפיה היסטורית וגיאוגרפיה אזורית. עבודותיו החשובות ביותר החלו באמצע שנות ה־50, תקופה פורייה בקריירה שלו, שהייתה כאילו פיצוי על שני העשורים הקודמים של פעילות מוגבלת. למרות מצבו הפיזי הלא מושלם, השתתף בפרויקטים רבים של מחקרי שטח בתנאים קשים בישראל ובמדינות נוספות כמו תורכיה, יוון, סיני, צרפת, פורטוגל וספרד.
תחום התעניינותו בגיאומורפולוגיה ותצלומי אוויר התבטא במחקר מפורסם על פיתולי נהר הירדן. הוא לא חשש מהקושי להגיע לאתרים רבים בשטח והצליח לתאר במדויק את תהליכי הפיתול של נהר הירדן כולו, מחקר ייחודי במינו. עבודתו הבינלאומית הידועה ביותר עסקה בניתוח תופעת הבליה, שהייתה רלוונטית גם לבליית סלעים בסביבות יבשות, לאחר 20 שנות מחקר אינטנסיבי בנושא זה.
במהלך תקופה זו היה שטנר פעיל בארגונים מקצועיים, והיה חבר בוועדות של הארגון הגיאוגרפי הבינלאומי לכרטוגרפיה (1952–1956) ולגיאומורפולוגיה חופית (1960–1964). בנוסף, שימש עורך גיאוגרפי לכרכים הראשונים של האנציקלופדיה העברית וכתב למעלה מ־30 ערכים מרכזיים. הוא ערך את החלק על ההיסטוריה הנופית באטלס ישראל והשתתף בוועדת העריכה של כתב העת בין השנים 1965–1969.
בערך באותה תקופה הפך שטנר לדמות מובילה בארגון וולונטרי של מדענים שפעלו לשמירת חופי ישראל, שנמצאו בסכנה בשל כרית חול בלתי מבוקרת לצרכי בנייה. אף שהמחקרים וההצעות של הקבוצה לא יושמו במלואם, דוחותיהם סייעו לאיסור חוקי על כרית חול מחופי הים.
בשנות ה־50 המאוחרות ותחילת ה־60 נשא שטנר באחריות העיקרית להוראת גיאוגרפיה פיזית לסטודנטים רבים באוניברסיטה העברית. בתקופה זו חיבר את ספר הלימוד בעברית בגיאומורפולוגיה. מורשתו המדעית העיקרית היא בהנחת היסודות לחינוך דור הגיאומורפולוגים הישראלי הנוכחי, שתלמידיו ותלמידי תלמידיו משמשים כיום כחברי סגל בכירים באוניברסיטאות בישראל ומחזיקים במשרות חשובות ברחבי העולם.
למרות שעבודותיו האישיות לא היו קשורות למהפכות המודרניות ששינו את הגיאומורפולוגיה בשני העשורים האחרונים, עודד את תלמידיו ללכת בדרכים חדשות. הוא לא היה דמות סמכותית בולטת, אלא השפיע על תלמידיו באמצעות שילוב של ביקורת בונה, הקפדה על תהליכים מדעיים, כבוד לדייקנות ויחס אישי חם. לעיתים הערותיו הביקורתיות נראו בתחילה כמתמקדות בפרטים קטנים כמו צורה או סגנון, אך ברוב המקרים התברר שהן נושאות ערך מדעי משמעותי. הוא המשיך להתעניין בתלמידיו זמן רב לאחר פרישתו ב־1968, ורבים מהם המשיכו לפנות אליו לעצה, שניתנה באווירה של עשן ועיניים מלאות חיים, שזכו למעמד מיוחד גם בשנות מחלתו האחרונות. יצחק שטנר נפטר בירושלים בי״א באדר א׳ תשמ״א, 15 בפברואר 1981.