עמנואל אטקס

• מפעלו ההיסטורי של ר' חיים מוולוזין (ירושלים, תשכ"ז) <עבודת גמר (מ.א.) – האוניברסיטה העברית בירושלים, תשכ"ז>
• ר' ישראל סלנטר וראשיתה של תנועת המוסר (ירושלים, תשל"ה) <דיסרטציה (Ph.D) – האוניברסיטה העברית בירושלים, תשל"ה>
• ר' ישראל סלנטר וראשיתה של תנועת המוסר (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית בירושלים, תשמ"ב) <הדפסה שנייה מתוקנת יצאה לאור בתשמ"ד> <תורגם לאנגלית>
• Rabbi Israel Salanter and the Mussar Movement : seeking the Torah of truth / translated by Jonathan Chipman (Philadelphia : Jewish Publication Society, 1993)
• מחבורה לתנועה : תנועת החסידות בראשיתה (תל אביב : האוניברסיטה הפתוחה, תשנ"א) <פולין: פרקים בתולדות יהודי מזרח-אירופה ותרבותם, יחידה 9–10> <תורגם לרוסית>
• ‘От группы к движению (зарождение хасидизма)’(Открытый университет, 1995) <Главы из истории и культуры евреев Восточной Европы, 4, pp. 169-331>
• ליטא בירושלים : העילית הלמדנית בליטא וקהילת הפרושים בירושלים לאור אגרות  וכתבים של ר' שמואל מקלם (ירושלים : יד יצחק בן-צבי , תשנ"ב)
• יחיד בדורו : הגאון מווילנה – דמות ודימוי (ירושלים : מרכז זלמן שזר, תשנ"ח) <תורגם לאנגלית>
• The Gaon of Vilna: the man and his image / translated by Jeffrey M. Green (Berkeley : University of California Press, 2002)
• תנועת החסידות בראשיתה (תל אביב : משרד הבטחון, ההוצאה לאור : האוניברסיטה המשודרת, תשנ"ח)
• בעל השם : הבעש"ט – מאגיה, מיסטיקה, הנהגה (ירושלים : מרכז זלמן שזר, תש"ס) <תורגם לאנגלית>
• The Besht: Magician, Mystic, and Leader / translated by Saadya Sternberg (Waltham: Brandeis University Press / University Press of New England, 2004)
• בעל התניא : רבי שניאור זלמן מלאדי וראשיתה של חסידות חב"ד (ירושלים : מרכז זלמן שזר לחקר תולדות העם היהודי, תשע"ב 2011)
• לשם שמים : חסידים, מתנגדים, משכילים ומה שביניהם (ירושלים : כרמל, תשע"ו 2016)
• הציונות המשיחית של הגאון מווילנה : המצאתה של מסורת (ירושלים : כרמל, תשע"ט 2019) <עריכה – יחזקאל חובב>

• במעגלי חסידים : קובץ מחקרים לזכרו של פרופסור מרדכי וילנסקי / עורכים – עמנואל אטקס, דוד אסף, ישראל ברטל, אלחנן ריינר (ירושלים : מוסד ביאליק : המרכז לחקר תולדות היהודים בפולין ומורשתם, המכון לחקר התפוצות,  אוניברסיטת תל אביב : והמרכז לחקר תולדות יהודי פולין ותרבותם, האוניברסיטה העברית בירושלים, תש"ס 1999)
  תוכן העניינים
• אבני דרך : מסות ומחקרים בהיסטוריה של עם ישראל, שי לצבי (קותי) יקותיאל (ירושלים : מרכז זלמן שזר לחקר תולדות העם היהודי, תשע"ו 2015) <בשיתוף דוד אסף ויוסף קפלן>