אות לטובה: לראש הרופא הנעלה כמהר"ר דוד חיים לוריאה, בהולד לו את שמעון בנו

מנטובה: מוציא לאור לא ידוע, שצ"ג 1633

בקשה להזכיר לאל זכות המתים, בתוך “צדוק הדין” / נדבת החברה הקדושה של גמילות חסדים ק"ק אשכנזים,

פאדובה: Antonio Bianchi, תרל"ג

דיואן / לר' יהודה אריה ממודינה

פילדלפיה: חברת ההוצאה היהודית באמריקה, תרצ"ב

מבחר השירה העברית באיטליה / חיים שירמן

ברלין: שוקן, תרצ"ד

יום זה יהי משקל כל חטאותי (סליחה)

חרון אפי כאש בוער ובבשרי כמו קוצים

משורר יערים שריקות עדרים

על כל יגון על כל צרה

נבזים בכל מכל נעדרי דעת

בליל חמיץ: אוסף תושבחות ושירות מנבוני עם ביום כתרו בכתר הפילוסופיה והרפואה בפאד“ווה האלוף הרופא כהח”ר יוסף חמיץ בן יהודה חמיץ

ירושלים: דפוס ארץ ישראל, תרצ"ח

ספר תלמיד צחקן מוסרי

פירדא: דפוס אברהם בינג ובונפט שניאור, תפ"ג

סוד ישרים

וירונה: Francesco Rossi, ת"ז

סור מרע: ויכוח על משחק הקלפים

פרנקפורט ע“נ מין: דפוס אנטון היינשייט, תע”ג

מאמר מגן וצנה (ונוסף עליו קיצור שני חבוריו מגן וחרב עם חיי יהודה)

ברעסלויא: דפוס ה' זולצבאך, תרט"ז

ארי נוהם: ספקות וריבות על תולדות ס' הזהר עם וכוח נגד בעלי הקבלה

לייפציג: Karl Tauchnitz, 1840

מגן וחרב: חבור נגד הנצרות

ירושלים: מקיצי נרדמים, תש"ך

מבחר פרקים מכתבי ר' יהודה אריה ממודינא: ובני דורו באיטליה (חומר לתרגיל)

ירושלים: מוציא לאור לא ידוע, תשכ"ז

לקט כתבים

ירושלים: מוסד ביאליק, תשכ"ח 1968

בחינת הקבלה (כולל ס' קול סכל וס' שאגת אריה)

ירושלים: מוציא לאור לא ידוע, תשכ"ח

צמח צדיק

ירושלים: המוסד לעידוד לימוד התורה, תשנ"ב

כתבי הרב יהודה אריה ממודינא

ברוקלין, נ.י: מוציא לאור לא ידוע, תשנ"ג

ספר חיי יהודה

קיוב: מוציא לאור לא ידוע, תרע"ב

אגרות רבי יהודה אריה ממודינא

תל אביב: בית-הספר למדעי היהדות ע“ש חיים רוזנברג, אוניברסיטת תל-אביב, תשמ”ד (1984)

בית לחם יהודה: מפתחות מכל מאמרים הבאים בספר עין ישראל [=עין יעקב] חלק ראשון, על הנושאים והערכים מסודרות

ויניציאה: וינדראמינה, ת"ג

ספר אור טוב: לחנוך לנערים על פי דרכם בלשון לעז בשפרה ברורה /

אמשטרדם: דפוס ר' הירץ לוי רופא, תפ"ו 1726

מאמר לב האריה

[ירושלים]: המוסד לעידוד לימוד התורה, [תשנ"ה 1995]

גלות יהודה

In Venetia: Giacomo Sarzina, 1612