נולד בר“ח אלול תרל”ד באולקניקי (פלך ווילנא). בשנת 1902 הוסמך בתואר “דוקטור לפילוסופיה” באוניברסיטה של היידלברג. בשנים 8–1907 - מרצה בישיבת אודיסה. בשנים 19 -1917— דוצנט באוניברסיטה של אודיסה.

עסקן ציוני מנעוריו. ציר בכמה קונגרסים ציוניים, חבר הפרקציה הדימוקרטית. בשנים 3־4– 1903— ראש ועד “ציוני ציון” למלחמה בהצעת אוגאנדה. במשך כמה שנים חבר ועד חובבי־שפת־עבר באודיסה. בשנים 1909 –1918 — חבר הועד האודיסאי.

בקורו הראשון בארץ־ישראל היה בשנת 1912. מ־1919 ישיבתו קבע בארץ־ישראל. מ־1926 — פרופיסור באוניברסיטה של ירושלים, חבר הסינאט של האוניברסיטה והפאקולטה למדעי הרוח ויו"ר המכון למדעי היהדות, חבר ועד החברה לחקירת ארץ־ישראל וחבר הנהלת ועד הלשון (מתש"ב — חבר הנשיאות).

פעולתו הספרותית מתחילה ב־1893 (ב“המליץ”9. כתב מלבד עברית גם רוסית.

ערך את “השלוח” בשנים 1903- 1927 ועוד כתבי־עת ומאספים. בשנת תש“ב זכה בפרס־ביאליק של עירית תל־אביב בסוג חכמת ישראל, על ספרו המונומנטלי”ההיסטוריה של הספרות העברית החדשה" (ד' כרכים).

כחמשים שנה מכהו הפרופיסור ד“ר יוסף קלוזנר בהיכל הספרות והמדע העברי. בין הסופרים מבני דורו (פרט, אולי, לנחום סוקולוב ז"ל) אין כמעט אחד אשר ישוה לו בתנובת היצירה ובפרי הרב שהעניק לספרות העברית בכל הסוגים המרובים אשר הוא מומחה להם — בהיסטוריה ובחקר העבר, כמסות על אישים ובמאמרי בקורת, בבלשנות ובפובליציסטיקה, בפילוסופיה ובחקר המדינה וכו' וכו'. רושמי ביבליוגרפיה מנו בראשית תש”ב ארבעים ספרים ואלף מאמרים שנתחברו ונתפרסמו עד אז על־ידי הפרופ' קלוזנר. זהו כמדומה, שיא בפוריותו של סופר עברי, אשר רובם מזדקנים בלא עת ומעין יצירתם פוסק בעודם צעירים. גם כיום, יובל שנים מאז החל קלוזנר מפרסם את מאמריו ב“המליץ”, עודנו כמעין המתגבר אשר לא יכזבו מימיו. התמדתו ושקידתו אינן פוסקות אף לשעה קלה, עבודתו המחקרית רבת ענפים היא, ומאמריו ומנאמיו על עניני השעה ברוכים בטמפרמנט חי ומלבב כלפני שנים רבות.

את מאמריו הראשונים של הסופר הצעיר יוסף קלוזנר התחלתי לקרוא ב“המליץ” בימי נעורי — בשנות 95 -1894. נושאי המאמרים: החיאת הלשון העברית, “כתיבה תמה ומלים מחודשות”, “שפת עבר — שפה חיה”, על ההיסטוריון רינאן, אחר כך המשיך לכתוב על התנועה הלאומית ושאלות היהדות והאנושיות. מאמריו הצטיינו תמיד בהסברתם המלבבת ובסגנונם החי. והנוער היה קוראם בענין ורואה במחברם מורה ומדריך.

במשך ארבעים שנות עבודתו נגע הפרופיסור קלוזנר במאות מאמריו — בכל שאלות חיינו וספרותנו. מלבד מאמריו המרובים שנדפסו בעתונים, מאספים, שבועונים, ירחונים והוצאות שונות, ערך קלוזנר שנים רבות את הירחון “השלח”. בזמן עריכתו הצליח לתת מהלכים לעשרות סופרים צעירים, שהתרכזו מסביב לבמה הספרותית הזאת.

מן היצירות החשובות ביותר שיצר במשך יובל שנים יש לציין את ספריו “היסטוריה ישראלית”; “ההיסטוריה של הספרות העברית החדשה”; “יוצרים ובונים”; “הרעיון המשיחי בישראל”; “עולם מתהוה”; (רשמי מסעו בארץ־ישראל בשנת 1912). אחד מספריו החשובים של הפרופ' י. קלוזנר, “ישו הנוצרי”, תורגם לכמה לשונות אירופיות ועשה רושם רב בעולם המדע הכללי.

הפרופיסור קלוזנר הוא גם אחד מלוחמי התרבות הגדולים שקמו לנו. בגולה נלחם במתבוללים שעמדו בראש “החברה למפיצי השכלה” מסיעת מרגלית וחבריו. ובאסיפה הכללית של ועד חובבי ציון, שהיתה באודיסה ב־4 בפברואר 1912, הרצה קלוזנר על בתי הספר בארץ־ישראל. בהמשך הרצאתו הציע ליסד בא“י בית־ספר גבוה למדעים הומניטריים. בין שאר דבריו אמר: “אם יש גימנסיה עברית, צריכה להיות גם אוניברסיטה עברית, הרי יש לנו בעלי השכלה גבוהה משלנו בשביל למודי היסטוריה, פילוסופיה וספרות”… להלן הדגיש, כי החנוך בבתי הספר בא”י אינו רק מפעל תרבותי, מתוך שעל־ידי החנוך הלאומי נצליח למזג לחטיבה אחת את כל העדות של הישוב העברי בא“י ולהקים עם שלם ומיוחד בארץ העברים, עוד לפני עשרות שנים חלם ד”ר י. קלוזנר על האוניברסיטה העברית בירושלים, ואת משא נפשו זה הביע במאמרים ובהרצאות. גם ב“עולם מתהוה”, שנדפס ב“השלח” בשנות תרע“ב־תרע”ד, כתב שבפגישתו עם הד“ר מארקוס (מנהל בית ספר “עזרה” בקושטא) נתגלע ביניהם וכוח עצום בדבר “בית מדרש עליון למדעי הרוח”. הד”ר מארקוס חשב, כי צריך ליסד בארץ ישראל בית מדרש לרבנים במקום “בית מדרש למדעי הרוח”, בנמקו, שרבנות זוהי תכלית מעשית, בעוד ש“מדעי הרוח אין בהם משום תכלית”. קלוזנר חלק על דעה זו ואמר: “בתי מדרש לרבנים כבר יש בתוכנו. ומלבד זה הרי אנו שואפים ביסוד בית המדרש העליון — לא למוסד קולטורי חדש (מוסדים קולטורים יש לנו ברוך־השם די והותר בארץ־ישראל ), אלא למרכז של יצירה. אנו צריכים לדאוג לא לאלה הצעירים שהם מוכשרים להשתעבד לצורות הישנות של חיינו, אלא קודם למבקשי דרכים חדשות. בית מדרש עליון יתן השכלה ממוזגת בהשכלה עברית, יכין לנו כל מיני עוסקים בצרכי צבור לא רק באמונה, אלא אף בידיעות הראויות לכך”… לאחר ימים ספורים — בניסן תרע“ב — נפגש קלוזנר עם הד”ר י. ל. מאגנס בתל־אביב. שניהם עלו אל הארץ כתיירים והלכו לסייר את הפרבר העברי המודרני. בדרך סיורם התגלעה ביניהם שיחה ארוכה בדבר “בית המדרש למדעי הרוח” הד"ר י. ל. מאגנס אמר, בין שאר דבריו, שבית מדרש עליון עברי נחוץ מאד בארץ־ישראל, אבל לדעתו חשוב שיפתח בית מדרש לחכמת ישראל בלבד. קלוזנר טען: “מוסד ישן בטבעו כבית מדרש לחכמת ישראל אי אפשר שיהיה מעין נובע של חיי רוח חדשים. קשה למלא קנקן ישן בחדש — או הקנקן מתבקע, או החדש מתישן. צריכים אנו עכשיו לדבר חדש מעיקרו, לכל הפחות חדש בישראל, כחדושה של הגימנסיה העברית “הרצליה”. רק מוסד עברי חדש יעורר תנועה רוחנית חדשה. והעיקר — אל נא נחדש את הקרע שבין היהדות ובין האנושיות, שאך התחיל להתאחות על ידי הגמנסיה העברית”…

דעתו של קלוזנר הכריעה. כיום אנו מוצאים את הד"ר י. ל. מגנס כנגיד האוניברסיטה העברית בירושלים וקלוזנר — פרופיסור לספרות העברית.

אין בדעתי למצות ברשימתי הקצרה את כל השפע אשר העניק הפרופ' יוסף קלוזנר גם בספרות, גם במדע ומחקר וגם בעסקנות התחיה הלאומית והתרבותית. לשם כך יש צורך במסה מקיפה ועבודה שקדנית כזו שרק קלוזנר עצמו מסוגל לה. אולם לא אוכל שלא להביא במאמרי הקצר כמה ציטטות מתוך כתביו, המעידות על רוחב דעתו ועל ראיתו המרחיקה.

בספר־מסעותיו “עולם מתהוה” (“השלח” כרך כ“ז - טבת תרע”ג 1913) הוא מספר על בקורו בנשף תלמידי הגימנסיה העברית “הרצליה” בתל־אביב: “הילדים והילדות הסתובבו במעגל ושרו בהתלהבות רבה את אחד משירי התחיה “פה בארץ חמדת אבות תתגשמנה כל התקוות”… ואני חולם ולבי ער, ימים יבואו וגמנסיות עבריות כאלו תהיינה לא רק ביפו (תל־אביב) ובירושלים, אלא גם בצפת, טבריה, חיפה ובחברון. בירושלים תתנוסס אוניברסיטה עברית, ובחיפה יעמוד טכניקום עברי, ומאתים אלף היהודים שיהיו אז בארץ־ישראל, יחיו כולם מעמל בפיהם וידברו כולם עברית, ויהיו כולם אנשים שלמים ועברים גמורים, ואז הלא יהיה בארץ ישראל עם עברי קטן, אבל שלם ברוחו”.

ובפרק אחר של “עולם מתהוה” כתב קלוזנר:

“כולם יש בורים בטרנסבל יותר ממאתים אלף, ומונטיניגרים הרבה יותר ממספר זה? והם עמים, והם כח מרוכז במקום אחד, והם אילנות ששרשיהם מרובים וענפיהם לא מועטים”.

על המצב הכלכלי של ארץ־ישראל כתב באותו ספר: “יותר שתגדל התפתחותה המדינית והכלכלית, יותר יוטב מצבם של היהודים היושבים בה זה כבר, או המתישבים בה לשם מסחר וקנין, ואולם יותר תכבד קנית קרקעות ויותר יתחזקו הערבים בארץ ולא יניחו את מקומם לנו, וכן הדבר אם תעבור ארץ ישראל לידי ממלכה אירופית, יוטב המצב החמרי ויורע המצב הלאומי, הצבור העברי מלחמה לו מפנים ומאחור”.

ואנו עדים כיום להגשמת דברי חזונו והרהורי לבו של איש החזון.

כחמשים שנה נמצא הפרופ' קלוזנר במערכת התחיה הלאומית, קנאי כדעותיו, ועמדתו תמיד ברורה, איתנה ומוצקה. את כל מאמריו ונאומיו עובר רעיון מרכזי אחד, כמין חוט־שדרה. אמונתו הרבה בהגשמת האידיאלים האנושיים ושאיפתו הגדולה לחזון הגאולה השלימה מאירים לו את דרכו בספרות, במדע ובחיים הצבוריים.

ועל הכל ולמעלה מכל — המוסר העליון, האמת והצדק החברותי. “אי אפשר לו לרעיון מדיני גדול כיום בלא אידיאל חברותי, הציוניות בתור היורשת של הרעיון המשיחי העברי לא תצויר בלא אידיאל של חירות מדינית, של שויון כלכלי ושם אחות עמים” (מאמרו ב“ביתר” חוב' ינואר 1933).

קלוזנר נלחם תמיד על השקפותיו הפוליטיות והחברותיות בלי להרתע, וכל הרוחות שבעולם לא יזיזוהו ממקומו. לבו תמיד ער לקראת עתידותיה של האומה הישראלית, והוא מאמין אמונה שלימה ביעודי הארץ ונביאיה הקדמונים.

קלוזנר נלחם בכל תוקף במחייבי הצמצום של האידיאל הציוני, והוא התריע על זה ומשנן; “אידיאל מצומצם אינו אידיאל כלל”.