העולים היהודים לארץ־ישראל בחלקם הגדול עולים מבין מגורשי ספרד, נמשכו מאז המאה ה־16 בעיקר לצפת שבגליל העליון, ועיר זו הפכה במשך הזמן למרכז עולמי של לומדי ה“קבלה”. בשנת 1578 הוקם בצפת גם בית־הדפוס העברי הראשון בארץ־ישראל לשם הדפסת ספרי־קודש. בשנת 1777 זכתה צפת גם לעליה גדולה יחסית של “חסידים”, תלמידי הבעש“ט. גם ה”פרושים“, תלמידי הגאון הרב אליהו מווילנה שעלו ארצה בשנת 1809, התישבו תחילה בצפת מכיון שעוינות הערבים תושבי ירושלים היתה בעיקר כלפי יהודים אשכנזים. אבל בשנת 1812 החלו ה”פרושים" להתישב גם בירושלים. לאחר הכנות מתאימות שכללו התאמה עם ראשי העדה הספרדית בירושלים, אשר העמידה לרשות האשכנזים החדשים בית־כנסת שלהם, וכן גם תשלום שלמונים לראשי העיר המוסלמים. ועל צפת זו, עיר ואם בישראל משך מאות שנים, עברו בעיקר במאה ה־19 צרות מצרות שונות, עד אשר הועלו אפילו רעיונות לנטישתה של צפת מתושביה היהודים. רעיונות אלו הועלו בעיקר לאחר הרעש הגדול שפקד את הגליל בשנת 1837 ופגע קשות בעיר צפת שבה נהרגו כתוצאה מרעידת־אדמה זו בערך אלפיים יהודים (וכמספר דומה גם לא־יהודים). הקהילה היהודית בעיר זו, מנתה אז בערך 4000 נפש, – כלומר מחצית תושביה היהודים של צפת מצאו אז את מותם. בתי העיר שהיו בנויים זה על גבי זה מחמת תלילות ההר ואשר גם היו רעועים ברובם, קרסו תוך רגע קט של זעזוע האדמה, וקברו תחתיהם את תושביהם שרבים מהם נהרגו בו במקום, וחלק לא קטן של אנשים מתו מחמת הקשיים המרובים שהיו בהסרת ההריסות והאבנים. מסופר על כמה מקרים של “נסים”, שאנשים הוצאו חיים לאחר שהיו שוכבים מתחת להריסות בתיהם משך יומיים או גם שלושה ימים.

את גודל האסון הכבד תיאר הרב ישראל משקלוב במכתביו ששלח לארצות הגולה במלים פשוטות ומחרידות: “…מיום חורבן בית המקדש בירושלים, לא היה חורבן כזה, וחרבו ערי הקודש צפת וטבריה עד היסוד, ובתוכם ארבעה־עשר בתי־כנסת שהיו פה בעיר הקודש צפת תותב”ב (תיבנה ותיכונן במהרה בימינו), נהרסו ונפלו והושלכו לארץ נזרם ונזר ספרי התורה הקדושה, ועמהם פני העיר (כלומר רבני העיר ששרתו בבתי הכנסת) מובחרים שבעיר הקודש, אשר נעשו בתיהם קבריהם. אוי לנו שכך עלתה לנו בימינו".

והיה הרעש הזה רק חוליה בשרשרת של פגיעות קשות במיוחד ביהודי צפת. באותה תקופה, שתחילתה בשנת תקצ“ג (1833) עם פרצה מגיפה בעיר, שגרמה לכך שהרב ישראל משקלוב, ראש ה”פרושים" בארץ־ישראל, אשר לא רצה עד אז לעזוב את צפת ולעבור להשתקע בירושלים שבה גדל והלך היישוב האשכנזי של “הפרושים”, עלה כעת גם הוא לירושלים ביחד עם רבים מאנשי העדה ה“פרושית”. אלא שצרותיו המשפחתיות של רבי ישראל לא תמו, כפי שתיאר בכתביו: “… גרים היינו בירושלים, לא ידענו ענין ההסגר והשמירה (לבל תתפשט המגיפה). בדרך מצפת מתה עלי אשת הנעורים, אשתי הראשונה, ואקברנה בעיר הקודש. נכנסו לעיר (ירושלים) ושם לקינו בכפליים. נלקחו מחמדי עיני, בני, בנותי וחתני; אבי ואמי נפטרו בצפת”.

גם מן התושבים המקומיים סבלו יהודי צפת רבות, ביחוד לאחר רציחתו של חיים פרתי, “שר האוצר” היהודי של הפחה המושל על הגליל. בשנת 1831 כבש איברהים־פשה המצרי את ארץ־ישראל, ומשל ביד קשה. (אם כי בתקופת שלטונו בארץ הוטב במקצת מצב היישוב העברי בארץ־ישראל, בעיקר הודות לשלמונים) הוא הכריח את הצעירים המוסלמים להתגייס לצבאו ולהלחם למענו. איברהים־פשה הצליח לכבוש את מדינות “המזרח הקרוב” לאורך הים התיכון ועד אנטוליה הגיע. בשנת תקצ“ב (1834) התמרדו הערבים ונלחמו נגדו משך כחודש ימים, ויהודי הגליל סבלו מכך ביותר. ר' מנחם מנדל מקאמיניץ, איש ירושלים תיאר את מאורעות הדמים אז בספרו “קורות העתים” (שיצא לאור בווילנה בשנת ת"ר – 1840): “… באו שוללים יושבי הכפרים והתחברו עם ישובי הערים ונפלו (=התנפלו) על היהודים ופשטו את בגדיהם וגרשום מן העיר (צפת) ויבוזו כל רכושם וקרעו ספרי תורה וטלית ותפילין שלהם”. ורבי ישראל משקלוב כתב על כך: “…הם (הערבים) שללו את כל היהודים, היכום מכת הרג ואובדן והחריבו בתיהם, ואנחנו היינו משולכים בחוצות כדומן על פני האדמה (ל"ג 33) ימים”. וכנקמה הירשה איבריהם פשה לחייליו לעשות בערבים המתקוממים כאוות נפשם, והחיילים לא הבחינו אז בין ערבים ליהודים, וכך יצא שגם חיל הכיבוש המצרי פגע קשות ביהודי צפת. בשנת תקצ”ח (1838) נערכה “ביזה” (כפי שאנשי צפת כינו פוגרום זה) על ידי הדרוזים תושבי הגליל. וכן נערכה ביזה על־ידי ערביי כפרים שבקרבת צפת בשנת ת"ר (1840).

כאמור, האסון הגדול ביותר נגרם על־ידי הרעש בשנת 1837, אותו תיאר ר' משה ריישר, תושב ירושלים שחזר אחר־מכן לפולין ארץ מולדתו ושם הוציא לאור ספר בשם “שערי ירושלים” ובו פרטים מענינים ביותר על המצב של היישוב העברי בארץ־ישראל בתקופת מגוריו בארץ. בקשר לרעש בצפת כתב: “…לעת ערב, בעלות המינחה (כלומר בשעת תפילת מנחה), בעמוד בני ישראל בכל בתי־הכנסיות ובתי המדרש בתפילה, פתאום רעדה וגעשה הארץ, ועמודי האדמה התפלצו, ובתוך רגע נהפכה כל העיר לתל־אבנים ונהרגו אנשים, נשים וטף לאין מספר ובכל העיר נהי וזעקה מתחת לגלי האבנים ותחשך הלילה, ומטר זועף ניתך עליה מן השמיים, וכל הלילה נשמעו קולות מתחת לאבנים, ותהי לחרדת אלוקים”. רבי ישראל משקלוב מזכיר בתאוריו גם נצולים ממוות לאחר הרעש “שהיו אנשים ששכבו כמה ימים עד צוארם מתחת לגלי אבנים, ופלאות רבות התרחשו בהשגחתו בצרה הגדולה”.

יצוין שהרב הדגול בפרסבורג (בראטיסלווה), עיר הבירה של סלובקיה, הרב משה סופר (הידוע בכינויו “חת”ם סופר"), סבור היה כי רעידת האדמה שהחריבה את צפת, אירעה משום שיהודים העדיפו את צפת על ירושלים ליישב אותה ולהקים בה קהילה יהודית גדולה. וכך כתב הרב החת“ם סופר: – “רעידת האדמה היא מקנאת ירושלים. קנאת ירושלים גרמה זאת, כי שם שער השמיים. זה מקרוב מאה שנה פנו פניהם לצפת, כי שם קבר איש אלוקי הרשב”י (רבי שמעון בר־יוחאי) במירון והאר”י בצפת, וכל העולים לארץ־ישראל לא שמו פניהם אלא לצפת ולטבריה, ואילו ירושלים נשכחה.

לא כולם סברו כמו הרב משה סופר בענין זה, כגון רבי אברהם בר (דב) מאבריטש, שדרש במפורש לא לנטוש את צפת. דעתו של רב זה היתה שמחויבים היהודים “לשבת תחתם במקומם בצפת”, וזה למרות כל העובר עליה בתקופה האחרונה, “כדי לחזק את העדה הקדומה הזאת על כנה ולהציל את בתי־הכנסת על מכונם, אשר יהיו לחורבות אם תטוש העדה את העיר” וכפי שכתב ר' אליעזר הלוי, מזכירו ומלוהו של משה מונטיפיורי, כי הודות לקריאתו זו של רבי אברהם בר, אמנם לא עזבו כל היהודים את צפת, גם אם חלק גדול מיהודי העיר עברו לירושלים, והודות לכך נשתמרה צפת כמקום ריכוז חשוב ביותר של אנשי תורה ולומדי תורה ח"ן (“קבלה”), רבני עדות המזרח ואשכנזים, – למרות גידולה גם של ירושלים העברית והתפתחותה המהירה, עד אשר הפכה האוכלוסיה העברית בירושלים לרוב תושבי העיר. אכן, סבירה מאד היתה הטענה שאילו נעזבה צפת כולה על־ידי יהודים, כי אז לא היתה מתפתחת כפי שהתפתחה עד הלום. יש להניח שכל הגליל לא היה מתפתח כפי שהתפתח עד הלום. ושתי ערים אלו, ירושלים וצפת, הן כיום כל אחת מהן עיר ואם בישראל, ולא היחידות בארץ ישראל שעם ישראל יכול להתגאות בהן.