בתנאים יותר קשים התפתח החינוך הישראלי ברוסיה בראשית המאה השמונה עשרה. עוד בימי פוול הראשון באה לידי גילוי הפוליטיקה המבולבלת של הממשלה ביחס ליהודים, שהיתה תערובת של לחץ אנטישמי, אפוטרופסות פוֹליציית ושאיפה “להשכיל” את היהודים בעל־כרחם. נושאה של פוליטיקה זו היה המיניסטר לעניני המשפטים, המשורר דרז’וין, שראה את עצמו מומחה לעניני היהודים ולמעשה לא הכיר ולא ידע את היהודים ואת חייהם. צורר יהודים זה עיבד הצעה מפורטת לתיקון היהודים, שדרשה במקצוע החינוך להגביל את הלימוד ב“חדרים” עד הגיל של שתים עשרה ולהטיל חובה על הבוגרים ללמוד בבתי ספר כלליים. הצעה זו הונחה ביסודה של חוקת 1804 שנתפרסמה בראשית ימי מלכותו של הקיסר אלכסנדר הראשון. השיטה השלטת שהיתה קיימת ביחס ליהודים עד חצי המאה התשע עשרה היתה שיטת “התיקונים מאונס”, שהיתה לובשת צורות שונות בּזמנים שונים. בידה האחת היתה הממשלה רודפת את היהודים על צואר, גוזרת עליהם גזרות כלכליות קשות, מצמצמת את תחום מושבם ומגרשת אותם מהכפרים, ובידה השניה היתה פותחת לרוחה – ברוח ה“סבלנות” המערבית – את דלתי בתי הספר הממלכתיים מתוך מטרה יחידה של הטמעת היהודים. אפילו בימי מלכותו של הקיסר ניקוליי הראשון, שהביא על ישראל מבול של גזרות קשות ברוח ימי הבינים החשוכים, זה שהוציא את החוק האכזרי בדבר החינוך הצבאי של ילדי ישראל בגיל עשר שנים ומעלה בקסרקטין, (“הקנטוניסטים”) ושלא ראה שום פתרון לשאלת היהודים חוץ מהטמעה ושמד, אפילו בתקופה זו של עריצות־זדוֹן אנו מוצאים ב“חוקת היהודים החדשה” (1835) סעיף על דבר פתיחת בתי־הספר הרוסיים לילדי ישראל. על ידי הממשלה נפתחו בכספי היהודים גם בתי ספר ממשלתיים שכוונתם היתה להרחיק את הנוער ממקורות־הדת הישראלית ובעיקר – מלימוד התלמוד. הממשלה קידשה מלחמה קשה גם על ה“חדר” ועל המלמדים, אסרה את המלבוש המסורתי, את הירמולקה וכו'. אבל כל התחבולות האלו העמיקו רק את התנגדות היהודים לחינוך החדש. “שקאָלעס ניע זשעלאַיֶם” (איננו רוצים בִּ“שְׁקָלות”) – כזו היתה תשובתם של המוני־העם.

כדי לדכא את התנגדותם של היהודים החליטה הממשלה (מיניסטר אוּבַרוב), תחת השפעת אירופה המערבית, לשנות את תכסיסה ולהכשיר ע“י פעולת תעמולה מתאימה את לב ההמונים לקראת התיקון החדש. לפי תיקון זה נפתחו בכל ערי התחום בתי ספר לילדי ישראל, שבהם למדו את הלשון הרוסית, לימודי־חול, עברית ודת־אל. שפת ההוראה היתה רוסית, אבל מחוסר מורים יודעי רוסית הותר באופן זמני להשתמש במורים המלמדים גרמנית. האיש שנטל על עצמו להפיץ בישראל את “המטרות הנשגבות” של הממשלה ולקרב את אוכלוסי היהודים לבתי הספר ה”קזיוני" היה הד“ר מקס ליליינטל, משכיל יהודי, יליד גרמניה, שהשתקע ברוסיה. אף בפעולתו ניכרים הקוים האפיניים של ההומברגים למיניהם: 1) הפצת רעיון החינוך החדש בישראל מבלי להתאימו עם רוח העם והתוכן ההיסטורי של החינוך הישראלי; 2) האמונה העוורת בכוונותיה הטובות של הממשלה 3) והשימוש באמצעי איום וכפיה לגבי היהודים. לילייטל השיא עצה למיניסטר אוברוב לאסור את כל ה”חדרים" ולהעביר את המלמדים מהוראה. אם מסע־התעמולה הראשון של ליליינטל בתוך ערי המושב לא הצליח, הנה המסע השני הוכתר בנצחון וברוב ערי התחום נענה ציבור־המשכילים לקול קריאתו.

בשנת 1843 עובדה הצעת־חוק על בתי־הספר הממשלתיים לילדי ישראל בועדה מיוחדת להשכלת היהודים, שבה השתתף מטעם הממשלה הד“ר ליליינטל ומצד היהודים – שני רבנים ושני עסקנים ציבוריים. בשנת 1844 נתאשרה הצעת־החוק ע”י הממשלה. לפי החוק החדש הזה נתחלקו בתי־הספר הממלכתיים לשני סוגים: 1) בתי ספר דו־שנתיים ממדרגה ראשונה להפצת השכלה אלמנטרית בקרב היהודים, 2) ובתי ספר ארבע־שנתיים עם תכנית לימודים מורחבת. בהגשמת ייסודם של בתי הספר השתתף גם ליאון מנדלשטם, שהיה משמש “יהודי מלומד” במיניסטריון ההשכלה. לשם הכשרת המורים בשביל בתי הספר הממשלתיים נפתחו שני בתי מדרש לרבנים בז’יטומיר ובוילנה (1847). בבתי הספר הורו מורים עבריים את לימודי היהדות ומורים נוצריים – את לימודי החול. בוגרי בתי הספר נהנו מזכות עבודת־צבא מקוצרת. הלימוד היה חינם. בתי הספר נתכלכלו ע“י הממשלה מהכנסות מכס־הנרות. יחד עם הוצאת החוק ניתנה גם הוראה חשאית על שם המיניסטר, שבה נתבררו הכוונות האמתיות של הממשלה והן: להרחיק את היהודים ממקור התלמוד ולהגביר את השפעת הנצרות עליהם. לתכלית זו צריך היה לסגור בהדרגה את ה”חדרים" ובה במידה שיתרבה מספר בתי הספר הממלכתיים – לעשות את הלימוד בהם חובה. בתור משגיחים צריכים להתמנות בהם רק נוצרים. למרות התנגדותו הגלויה של העם שהרגיש בחושו הטבעי את מזימות הרשע של הממשלה ולמרות ההגבלות והגזרות שניתכו על ראשו באותה תקופה, (קיפוח האבטונומיה של הקהילות ועלילות־הדם), נפתחו בתי־ספר כאלה בהרבה ערים. בשנת 1863 הגיע מספר בתה“ס מהמדרגה הראשונה בחמשה גלילות – ל־ 98, ומספר תלמידיהם – ל־ 4022. בשנת 1889 היה מספרם – 220, ומספר התלמידים – למעלה מ־ 13,000. אבל למרות התיקונים שהוכנסו בהם בימי אלכסנדר השני – לא הכו שרשים בחיי היהדות. משכילי־העם שבכרו לחנך את בניהם בבה”ס הכלליים, ראו בבתה“ס הממלכתיים לילדי ישראל צר ואויב למוסד החינוכי הלאומי, ה”חדר“. התנגדות זו התגברה עם הגזרות החדשות של הממשלה על ה”חדר“. בשנת 1855 הותקן חוק שעל פיו נאסר להיות רב או מלמד למי שלא גמר את חוק לימודיו בבית מדרש לרבנים או בתי ספר כלליים תיכוניים או עליונים. בשנת 1856 יצאה פקודת השגחה חמורה על ה”חדרים" והמלמדים. אבל כל הגזרות הללו לא הוצאו אל הפועל. שני בתי המדרש לרבנים נהפכו למכונים להכשרת מורים. הממשלה חדלה מלטפל בבתי הספר האלה שהכזיבו תקוותיה ומספרם הלך ופחת משנה לשנה.

אבל גם בתחום החינוך המסורתי היתה ניכרת השפעת הזמן. כמו באירופה המערבית, עלה גם ברוסיה הד־קולם של יחידים ששאפו לחינוך דתי מתוקן. בין אלה אנו מוצאים אישים מצוינים בחכמה ודעת, מקצתם רבנים מופלגים מקצתם סופרים ששקדו על תקנת עמם וכאבו בכאב חינוכו. אחד מגאוני־העולם שהטביע חותם־רוחו על דורות רבים הוא הגר"א מוילנה. גאון־התלמוד, ענק ההגיון, רב־החכמה והקנאי הנלהב לדעותיו הכריז מלחמת קודש על המחשבה האסכולסטית של דורו שנתבססה על יסוד הפלפול והקבלה המסתורית. אף על פי שהתיחס בשלילה לפילוסופיה, ידע להחשיב את ערך המדע בחינוך וגם חיבר שורה של ספרי מדע (“דקדוק אליהו”, “איל משולש” – חיבור על הנדסה, אלגברה וטריגונומטריה, הוצא לאור בשנת 1834 ע"י שמואל מלוקניק, חיבורים על תכונה וחשבון התקופות והמולדות), שהיו מתאימים עם ההשקפות המדעיות של דורו. על השקפת הגר"א על דרכי הלימוד מעידים דברי בניו בהקדמתם לפירושו על שלחן־ערוך “אורח־חיים”:

“ויותר שהיה חכם (הגר"א), לימד דעת את העם וחיזקם ואימצם (במו פיו) שילמדו בסדר הנכון שלא ימעדו ברכיהם, בראשונה הזהיר להיות בקי בכל כ”ד ספרים עם נקודוֹת והטעמים ערוכים בכל ושמורים, ועל צבאם דגל חכמת הדקדוק, וכבר בחנו פקחים ושלמים שבחכמת הדקדוק בדברם עמו לא מצאו ידם ורגלם; אחרי זה צוה להיות ששה סדרי משנה שגורה בפיו עם כללות פירושיה המפורסמים וכו‘; אחר הזהיר על דרכי העיון בים התלמוד וכו’. מתנאיה שיהיה (התלמיד) ישר־העיון שונא רוב הקושיות, מודה על האמת אפילו מפי תינוקות של בית־רבן וכל חפציו מדרך השכל לא ישוו נגד האמת, כי אז יצליח ואז ישכיל" – –

אחד הראשונים (בסוף המאה ה־ XVIII), שנלחם בכל נפשו נגד דרכי הפלפול בלימוד ונגד שיטת הקבלה, היה ר' מנשה אילייר (“בן פורת”). ר' מנשה היה גאון תלמודי, שנשא את נפשו להשכיל את העם הטובע בים של בערות ולפשט את העקמומיות שבנשמתו. בתור רציונליסטון דרש ללמוד בדרך הפשט, ע“פ ההגיון והשכל הישר. בספרו “אלפי מנשה” (1822) דן בהרחבה על הקלקולים והתקלות שבחיי היהדות, ביחוד בחינוך הדור. “ר' מנשה – מספר ר' מרדכי פלוּנגיאַן בספרו “בן פורת” – היה עובר מחדר לחדר ומעורר את לב הילדים בדברי חן ושכל, כי ידבקו בתורת ה' וגם אחרי חכמה ומדע ירדפו לדעת”. ר' מנשה קָבל על העזובה בחינוך, על דרכי הלימוד האבלות, על שיטת ההוראה הלקויה המגדלת את הדור לתורה המשתכחת מפיו ולמעשים רעים ולחופה בגיל נעורים. על רבים מרעיונותיו חזר הרב הצנוע והנחבא אל הכלים בחיבוריו האחרונים “שקל הקודש” ו”חיי דסמא". ר' מנשה שהיה טיפוס של מתקן ציבורי לא התכוון להגשים דעותיו נגד רצון מתנגדיו המרובים. “חפצי, כי גדולי ישראל ורבניו העומדים בראש האומה יתאספו יחד ובהסכם כולם יתקנו את כל הצריך תיקון”. ואף על פי כן רדפוהו בעלי חיצים ממחנה החרדים וספריו נשרפו בערים שונות לעיני עדת בני ישראל.

בין גדולים סופרי ההשכלה שהשפיעו השפעה עצומה על בני דורם בשדה החינוך, היה אבי ההשכלה ברוסיה ר' יצחק בֶּר לוינזון מקרמניץ. ריב“ל היה משכיל טיפוסי שהאמין באמונה שלמה בכוחה הגואל של ה”השכלה בת השמים", אשר תעלה ארוכה לכל מדוי עמו. הממשלה היתה בעיניו סמל הצדק והיושר והמיניסטר אוברוב שרצה לצוד את נשמת האומה במלכודת ההשכלה – היה “מלאך מושיע ורב שפיזר את ענני־העבים בשמי־חיינו: “עבר־אב”. בתמימותו המופלגת לא נמנע אפילו מהציע לפני הממשלה לסגור את בתי הדפוס העבריים במקומות שאין בהם צנזורה. בשנת 1828 הוציא ריב”ל את ספרו “התעודה בישראל”, שבו נתן ביאור פופולרי ומקיף לשאלות החינוך האקטואליות של התקופה. על יסוד של ראיות מספרי הקודש והתלמוד וגם הספרות הכללית הוכיח:

1) שכל יהודי חייב ללמוד לשון הקודש ודקדוקה; שצריך ללמוד ע“פ הפשט הפשוט וע”פ הסדר ולא בדרך הדרש והרמז ובדילוגים;

2) שאין איסור מן התורה ללמוד לשונות לועזיות וספרותן ומכל שכן – לשון המדינה שתועלתן מרובה מאוד לכל פרט ופרט;

3) שאין החכמות החיצוניות אסורות מן הדין ורבים מגדולי ישראל, רבניים ותורניים מופלגים היו בקיאים בכל ענפי החכמה והמדע;

4) שצריך ללמד את ישראל מלאכה או אומנות המפרנסת את בעליה, כדי שימעט לעסוק במסחר וסרסרות;

5) ושהטובה בהן – היא עבודת האדמה.

גם בספרו השני “בית יהודה” נגע ריב“ל בשאלות החינוך. בפרק קמ”ו מציע ריב“ל חמשה תיקונים יסודיים שיש להכניסם בחיי היהודים; אחד מהם מטפל בחינוך וזו לשון המחבר: “לייסד בתי ספר כראוי ללמד את התינוקות והתלמידים התורה והדת והמצוות, המדות והמוסר ביחד וחובתו נגד ה' ונגד רעיהו ונגד המלכות ונגד העם אשר יושב בקרבו והכול ע”פ סדר ישר ויבָחרו לזה ספרים מיוחדים המדברים מזה והמסכימים עם שנות הילדים, הקטן לפי קטנו והגדול לפי גדלו; גם את הילדות והנערות ילמדו לפי השגתן ולפי הצורך לנשים מעניני הדת והמוסר והמידות. וללמד את הנערים והנערות איזה מלאכה או עבודה, כי הבטלה וחסרון פרנסה קבועה הם ראשית כל חטאת המלמדים (לזכרים) והמלמדות (לנקבות) יהיו אנשי מדע בעלי מידות ומוסר, יראים ושלמים ובקיאים בענין גידול בנים ואופני הלימוד, כי היא “מלאכה יקרה ולא כל אחד מסוגל לזה אף שהוא מלומד”… בבתי ספר אלה צריך הנוער לקנות ידיעות מספיקות בתנ”ך, דקדוק, דינים נבחרים מהשו“ע, לשון וספרות עברית, לשון המדינה וחשבון. בארבע ערים גדולות מרובות אוכלסים ורשה, וילנה, אודיסה וברדיצ’ב יש לייסד חוץ מבתי־ספר לקטנים גם בתי מדרש לגדולים, ששם ילמדו ילדי ישראל גם תלמוד ופוסקים וכל ענפי המדע והלשונות מפי רבנים וחכמים שייבחרו להוראה; הלימודים העבריים – מדגיש ריב”ל – יהיו נלמדים על יסוד התורה והדת כדי ששכרם לא יצא בהפסדם.

גם פעולתו הספרותית של ריב“ל נתקלה בהתנגדותם הנמרצה של החרדים, אע”פ שריב"ל היה מטבעו רודף שלום. בסוף ימיו השלימו עמו הרבנים בשל חלק מספריו שבהם יצא להגן על כבוד ישראל ותורתו נגד המסיתים (“זרובבל”) והמעלילים (“אפס דמים”).