לאחר עזיבת כוחות הכיבוש הצרפתים בפיקוד נפוליאון את יפו, בשנת 1799, ניסה אחמד ג’זאר, מושל עכו, להשתלט על יפו, אולם בשנת 1802 מונה מוחמד אבו-מרק למושל המחוז. ג’זאר הטיל מצור על העיר ואילץ את אבו-מרק להימלט לאחר תשעה חודשים. יפו הייתה נתונה עתה תחת ממשל ג’זאר עד מותו בשנת 1804, ואבו-מרק השתלט שוב על יפו. סולימאן פחה, שמונה תחת ג’זאר, יצא למלחמה נגדו וצר על העיר. אבו-מרק נמלט שנית, והותיר עיר הרוסה ובוסתנים פגועים. סולימאן ניסה למנות מושל לעיר, אך הממלוכ של ג’זאר, מוחמד אבו-נבוט, השתלט עליה ושלט בה במשך חמש עשרה שנים (1819–1804). הוא היה מושל תקיף ואכזר שהטיל פחד על הסובבים אותו, ועם זאת נודע כמשקם ובונה יפו. הוא שיקם את חומות העיר ואת נמלה, בנה מגדל שער לעיר הנושא את שמו, שיקם את מסגד העיר, ובנה שווקים, מרחצאות ומזרקות מפוארות. שלוש מהן ניצבות עד היום.

לאחר שאבו-נבוט אולץ לעזוב את יפו מינה סולימאן את בן אחיו צאלח מוסטפה בק למושל מחוז יפו. עם מותו של סולימאן, הייתה העיר כפופה לשלטונו של יורשו עבדאללה פחה, מושל נפת צידון וירושלים. בשנת 1831 נכבשה הארץ בידי כוחותיו של איברהים פחה, בנו של מוחמד עלי שליט מצריים והוא שלט בה במשך תשע שנים. בתקופתו שופר מצב הביטחון בעיר ובדרכים סביבה, והנוצרים הורשו להגיע אליה. בראשית 1840 גורשו כוחותיו של איברהים פחה בידי התורכים בסיוע כוחות בריטיים, בפיקוד הגנרל תומס מיצ’ל, והעות’מאניים חזרו לשלוט ביפו. איברהים פחה שינה את סדרי השלטון והביא להעלאת מעמדם של נציגי השלטון במקום השליטים הפאודלים המקומיים. הוא השאיר על מקומם את המותסלמים (נציגי המושל) בירושלים ויפו, והקים מועצות (מג’ליס) שהורכבו מנציגי האוכלוסייה. תפקידן היה לייעץ לרשות המנהלית בכל הקשור למיסים, סכסוכים מסחריים, ושמירת מעמדם המשפטי של הלא מוסלמים. בעקבות הרפורמות השלטוניות שהונהגו באימפריה העות’מנית בשנת 1864, הייתה ארץ-ישראל חלק מפלך (וילאית) סוריה, וכפופה למושל שישב בדמשק. הפלך חולק למחוזות (סנג’אקים), ונפת יפו הייתה כלולה במחוז ירושלים. היא נוהלה בידי מושל מקומי (קאימקם). בשנת 1874 הפך סנג’אק ירושלים לתת פלך (מוטצריפליק) עצמאי הכפוף ישירות לחצר הסולטן באיסטנבול, ומושל מחוז יפו היה כפוף לו.

רק מעט נכתב על מושלי יפו לאחר השלטון המצרי. מוזכרים בעיקר המושל באהה אל-דין, והמושל הצבאי (קומנדנט) חסן אלבאסרי אלג’אברי, הנודע כחסן בק. השניים שרתו במהלך מלחמת העולם הראשונה, ומוזכרים לשמצה בזיכרונות בני התקופה כמי שהתעמרו ביהודים וערבים כאחד. אל-דין הועבר מתפקידו בדצמבר 1914, בעקבות תלונות היהודים על גירוש נתיני רוסיה, ואילו חסן בק הועבר מתפקידו במאי 1916. המושלים שבאו בעקבותיהם מוזכרים בקצרה בזיכרונות בני התקופה, ואילו המידע על מושלי העיר בתקופה שקדמה למלחמת העולם, הוא מועט אף יותר.

רוב המושלים ביפו מונו מקרב הפקידות העות’מאנית, אולם ארבעה מהם היו בני הארץ, בנים למשפחות מיוחסות: השיח' סעיד מוסטפה אסעיד, שמשל בראשית שנות השישים של המאה ה-19, היה בן למשפחה יפואית מכובדת שממנה מונו בעלי תפקידים במינהל התורכי. בנו, השיח' חאפז אסעיד, היה ממנהיגי העיר ונציגה בפרלמנט התורכי משנת 1908. אחיינו, עאסם בק אסעיד, שרת כראש העיר במשך עשרים שנה (1939–1919). עבד אלסאלאם אל-חוסייני, מונה למושל בשנת 1896, אך הודח לאחר שנה בעקבות מעשי שחיתות. שני מושלים נוספים הם דמויות מוכרות וחשובות בתולדות הלאומיות הפלסטינית: יוסוף ז’יאה אל-חלידי, בן למשפחה ירושלמית מיוחסת, שמונה למושל בשנת 1881, ומוסא כאזם אל-חוסייני שמונה לתפקיד בשנת 1885.

יוסוף ז’יאה מוזכר בהיסטוגרפיה הפלסטינית כראשון המוחים נגד התנועה הציונית.¹ במרס 1899 הוא שלח מכתב להרצל, באמצעות הרב הראשי לצרפת צדוק כאהן. במכתבו טען כי הרעיון הציוני צודק כשלעצמו, אולם פלשתינה מיושבת בערבים, ולא ניתן לקנות אותה עבור שום הון שבעולם, ולכן מוטב שהיהודים ימצאו ארץ אחרת להתיישב בה. הוא סיים את מכתבו במילים: “למען האלוהים, עזבו את פלשתינה במנוחה”.

יוסוף ז’יאה נולד בירושלים בשנת למשפחה מכובדת שהייתה ביריבות תמידית עם משפחת חוסייני. אביו, מוחמד עלי, היה מזכיר בית הדין השרעי בירושלים במשך עשרות שנים. בהיותו בן 17 החל לתת את דעתו על מעמדו הנחות של המזרח שנשלט בידי המעצמות, מאחר והתושבים המקומיים היו חסרי השכלה. הוא רכש השכלה גבוהה במוסדות שונים בחו"ל, אך בשנת 1865 נקרא לחזור לירושלים בעקבות מות אביו. בשנותיו באירופה למד צרפתית, אנגלית וגרמנית, שסייעו לו בתפקידיו בעתיד.

יוסוף ז’יאה ביקש לייסד בית ספר מתקדם בירושלים, והוא זכה לברכת הואלי בדמשק שאפשר לו לפתוח בשנת 1867 את בית הספר ‘רושידייה’. שאיפתו לשמש כמורה, לא הוגשמה, שכן נקרא לכהן כראש העירייה ושימש בתפקידו במשך תשע שנים. הוא קידם עבודות פיתוח בירושלים, והוליך אליה מים מבריכות שלמה. בימיו נסללה בשנת 1869 דרך המרכבות מיפו לירושלים. בשנת 1877 נבחר כנציג מחוז ירושלים לפרלמנט העות’מאני. הוא תמך ברפורמות החוקתיות והצטרף למתנגדי הסולטן עבדול חמיד השני, ועם פיזור הפרלמנט בשנת 1878 גורש מאיסטנבול וחזר לירושלים ומונה שוב לראשות העיר. בשנת 1879 הועבר מתפקידו ונסע לווינה בה שימש כפרופסור לערבית באקדמיה. בשנת 1881 חזר לירושלים ומונה למושל (קאימקם) מחוז יפו. בתקופת שלטונו הושלם פרוק חומת העיר, והחל פיתוח מואץ מחוץ לה של הדרכים המובילות לעזה וירושלים וכיכר העיר. עם סיום תפקידו שרת בממשל באיסטנבול ומת בשנת 1906.

מוסא כאזם אל-חוסייני היה מנהיג התנועה הלאומית הפלסטינית מראשיתה ועד מותו בשנת 1934. הוא נולד בירושלים בשנת 1853 למשפחה המייחסת את מוצאה למשפחה הנביא. הוא רכש את השכלתו באיסטנבול, בבית הספר שהכשיר מושלים ופקידי מחוזות.² בצעירותו שרת כמושל מחוזות בכל רחבי האימפריה,³ ובשנת 1885 הוא מונה למושל מחוז יפו. הוא הועבר מתפקידו בשנת 1890, בעקבות דרישת הקונסולים הזרים שלא למנות לתפקיד את בני הארץ, על פי הנוהג המקובל. בתקופת שלטונו של חוסייני, התפתחה העיר והוקמו בה מוסדות חדשים: בית העירייה בכיכר העיר, בית המכס בנמל וקסרקטין צבאי (הקישלה). בתקופה זו של רפורמה שלטונית ברחבי האימפריה הוקמו מוסדות גם בערים נוספות בארץ, אולם יתכן וניתן לייחס את הפיתוח המואץ ביפו לקשר המשפחתי של הווזיר הגדול מחמד קמיל פאשה למשפחת חוסייני. בהיותו מושל ירושלים בשנות השבעים, הוא נשא לאישה את בת המשפחה.⁴ עם התגבשות הלאומיות הפלסטינית, לאחר מלחמת העולם הראשונה, נבחר מוסה כאזם בדצמבר 1919 כנשיא ‘הוועד הפועל הערבי’. לאחר מות אחיו חוסיין, ששימש כראש עיריית ירושלים, הוא תפס את מקומו. בעקבות ‘מאורעות נבי מוסה’, שפרצו בירושלים בראשית אפריל 1920, הוא הודח מתפקידו בידי מושל העיר הבריטי לאחר שהואשם בהסתה שהובילה לפרעות ורצח תשעה יהודים בעיר העתיקה. באוקטובר 1933 נפצע ביפו כשעמד בראש הפגנה אלימה נגד העלייה הציונית בכיכר השעון, ובראשית 1934 הלך לעולמו. אחיינו חאג' אמין אל-חוסייני, המופתי של ירושלים, ירש את מקומו כמנהיג ערביי הארץ. בנו של מוסא כאזם, עבד אל-קאדר, היה המפקד הצבאי של הכוחות הערבים באזור ירושלים, עד נפילתו בקרב הקסטל. נכדו פייסל נודע בזכות פעילותו ברשות הפלסטינית ומת בשנת 2001.

מושלי יפו

1800- מוחמד פאשה אבו מארק

1804 - מוחמד אגא אל שאמי (אבו נבוט)

1819- סלח מוצטפא בק

1823- אלחאג' עלי אפנדי

1860- השיח' סעיד מוצטפא אסעיד

1864- יוסוף ז’יאה אל-חלידי

1867- אחמד תאופיק ביי

1868- נור א-דין אפנדי

1870- אשרף אפנדי

1871- סלימאן ריפאקי אפנדי

1872- חסן אפנדי

1873- אדיב אפנדי

1874- אוסמן סאוואקי אפנדי

1874- עלי אפנדי

1876- מחמד זואידי אפנדי

1878- אוסמן פאידי אפנדי

1880- מחמד תאופיק אפנדי (סייע בפרשת חטיפת י.א.שלוש)

1881- יוסוף ז’יאה אל-חלידי

1883- עלי נאחמי אפנדי

1885- שיוקאט קמיל ביי (בנו של קאמל פחה שהיה מושל מחוז ירושלים)⁵

1885- מוסא כאזם אל-חוסייני.⁶

1891- מוסטפה היקמיט ביי

1892 - עלי אפנדי (הודח מתפקידו)⁷

1894 - מחמד נורי אפנדי ביי (הועבר מתפקידו בעקבות חילוקי דעות עם חיים אמזלק)

1896 - עבד אלסאלאם אלחוסייני (הודח בעקבות שחיתות)

1898- מחמוד סאדיק

1899- ראוף ביי

1903 - מחמד ריזה ביי (הודח ע"י כארים ביי בעוון שחיתות) ⁸

1907 - מחמד ואסיף ביי (הועבר מתפקידו בעקבות מאורעות פורים 1908)⁹

1908 - ד"ר עבד אל קרים בק (מונה כמ"מ המושל)¹⁰

1908 - אחמד יוסוף ביי (הודח בידי אכרם ביי מושל מחוז ירושלים) ¹¹

1908- עבדול קארים ביי (מפקד המשטרה. מ"מ המושל)

1908- עבדול רחמן ביי אפנדי (שימש קודם כמושל עזה).

1909- עלי אסף¹²

1913- באהה אל דין (הועבר מתפקידו בדצמבר 1914 בעקבות גרוש יהודי רוסיה ולחץ היהודים)¹³

1915- חסן בק המפקד הצבאי, שימש תקופה קצרה כממלא מקום המושל.

1915- פואד בק שיהאב¹⁴

1915- עאריף בק. המושל האחרון של יפו. ¹⁵

יוסוף ז’יאה אל-חליד

מוסה כאז’ם אל-חוסייני כמושל

מוסה כאז’ם אל-חוסייני בזקנתו

חסן בק המפקד הצבאי ששימש ממלא מקום