כשביקר הצלם הצרפתי פליקס בונפיס (Bonfils) לראשונה ביפו, באמצע שנות השישים של המאה התשע-עשרה, עדיין ניצבה במלואה המצדית (Bastion) הדרום מערבית בחומת יפו שהגנה על הנמל. רק חור קטן נראה בבסיסה כתוצאה מכרסום גלי הים, אולם עדיין ניתן היה להבחין בשלושת מפלסיה. בונפיס הגיע לביירות בשנת 1867 ופתח בה סטודיו לצילום אוריינטלי. היה זה הצילום הראשון מבין ארבעה שצילם במהלך עשרים השנים הבאות.¹ הוא ניצב באותה נקודה על ריף הסלעים, ותעד את מראה העיר ואת התפוררות מצדית הנמל. גלי הים המשיכו לנגוס בקיר המצדית עד שהתמוטטה כמעט כליל. בצילום האחרון ניתן עדיין לראות את התותחים שהוצבו עליה כדי להגן על העיר מתקיפה מכיוון הים. היא נצבה על מקומה של מצודה עות’מאנית קודמת שנהרסה עם כיבוש נפוליאון.² חומת העיר והמצדיות שהגנו עליה שוקמו בתקופת שלטונו של מוחמד אע’א אבו-נבוט (1818–1804).

במפת יפו ששורטטה בשנת 1842 בידי קצין ההנדסה הבריטי לוטננט פרידריק צ’רלס סקיירינג (Skyring), מופיעה תכנית המצדית עם חתך דרך שלושת מפלסיה. הם נבנו על גבי קשתות אבן, עם חללים ששמשו ככל הנראה למגורים ואחסון. במפלס העליון מצוין במפה ביתו של שמעון הבורסקאי, בו התארח על פי המסורת הנוצרית פטרוס הקדוש, והחייה את הצדקת טביתא. בשנת 1865, כששופץ הנמל והוקם בו לראשונה בית מכס, הותקן בחצר מגדלור.³ אל עורף המצודה הובילה, על פי המפה, דרך ביטחון שנסללה לאורך חומת העיר וקישרה בין מצדיות ההגנה בפינות העיר ומגדלי הבחן שחלשו על החומה וחפיר העיר.

עם ביטול מעמד העיר כעיר חומה בשנת 1875, החל פירוק חומת העיר ואבניה נמכרו לבניית בתים חדשים.⁴ המצדית שהגנה על שער העיר הראשי, ‘שער ירושלים’, נמכרה לחיים מימון עמיאל שבנה עם שותפיו אהרון מויאל ואברהם אבושדיד שוק יהודי ומעליו בית מגורים מפואר.⁵ חלק נכבד מהחפיר המזרחי נמכר לאהרון מויאל, ואילו מצודת ‘סידני סמית’, בפינה הדרום מזרחית, נרכשה בידי מסדר הנזירות סנט ג’וזף. הן הקימו עליו את בית החולים הצרפתי שנשא את שמו של המלך לואי התשיעי. בשנת 1869 נפתח שער נוסף בחומת העיר המזרחית – ‘השער החדש’,⁶ ואילו בשנים 1878–1875 נפתחו בחומה הדרומית שלושה מעברים חדשים. במפת המהנדס הטמפלרי תיאודור זנדל (Sandel) משנת 1878, מופיע במקומה של מצודת הנמל השם ‘שער הארמנים’.

בשנת 1831 כבש את יפו איברהים פחה, בנו החורג של מוחמד עלי שליט מצרים. במהלך עשר שנות שלטונו הונהגו סדרי ממשל חדשים ושופר מצב הביטחון ברחבי הארץ. הוא אפשר לכנסיות הנוצריות לפעול, וצליינים החלו לפקוד את הארץ. נמל יפו היה נמל הכניסה לארץ הקודש בדרך לירושלים. כדי למנוע התפשטות מחלות הוקמו מדרום לנמל שני בתי הסגר (קרנטינות), בידי הכנסייה היוונית אורתודוכסית והכנסייה הארמנית. לכנסיות היו אכסניות ומנזרים בנמל. על מקום הקרנטינה הארמנית ניצב היום אולם ‘מיומנה’, ואילו על מקום הקרנטינה היוונית אורתודוכסית ניצב היום מתחם המגורים ‘אנדרומדה’.

הטמפלרי גוטפריד שוורץ תיאר בשנת 1880 את הדרך העולה מהנמל למתחם הארמני דרך ‘שער הארמנים’:

מדרום לעיר, הקרנטינה (במפה 13), שנבנתה ע"י מוחמד עלי, היא כעת בניין חצי הרוס. אותו מצב גם במנזר הארמני הנקרא “הלאזארט הארמני” שכיום הוא משמש לקרנטינה בלבד. הוא מתרומם על גבעה קטנה העולה מן הים. גרם מדרגות גבוה וצר, חצי הרוס, עולה מהים לשערים הנמצאים בגובה של כארבעים רגל. כאשר מוטל הסגר, אלה שאינם רוצים להישאר בספינה יכולים לעבור בסירות לקרנטינה ומובלים ישירות למדרגות, מבלי לעבור את העיר. מתחת למדרגות חלק עמוד מגרניט באורך כשישה רגל בקוטר של כשני רגל, עדות לימי זוהר עברו.⁷

בצילומי דרום הנמל משנות השמונים של המאה ה-19, ניתן להבחין ב’שער הארמנים' שנפרץ במצדית. הוא עבר ככל הנראה דרך הקשתות שתמכו את המבנה על פי החתך בתכנית סקיירינג, ועל פי ממצאי החפירות שנערכו במקום במהלך השנים וחשפו את יסודות המצדית.⁸ לקראת ביקור הקיסר הגרמני וילהלם בשנת 1898, שעזב את הארץ דרך נמל יפו, שופצו העיר והנמל. לצד ‘השער הארמני’, דרכו הגיעו הקיסר ורעייתו לנמל, נבנה בניין ימייה. בשנת 1905 החכירה עיריית יפו את השטח שמדרום לבניין לחברת ‘פרדס’, והיא בנתה עליו את מבנה המחסנים והמשרדים שלה. דרום הנמל החל לשמש לאחסון דלק ולוחות עץ, ו’שער הארמנים' ושרידי המצדית נהרסו כדי להרחיב את דרך הגישה לנמל. היא הייתה היחידה שאפשרה גישה של עגלות, מאחר ודרך הגישה הצפונית הוכשרה רק בשנת 1934, עם בניית הנמל החדש. כדי להכשיר את החוף הדרומי לפריקה ואחסון, נבנה קיר ים ב’מפרץ הירח' (בירכאת אל-קאמר) ששימש לפריקת חביות נפט ופחם.

לאחר הכיבוש הבריטי בשנת 1917, החל פיתוח מואץ של דרום הנמל באזור ‘בריכת הירח’. תוך שנים ספורות הוקמו מבני מחסני מכס וערובה חדשים, בידי חברת ה’בונדד' המצרית ועיריית יפו, ופעילות היבוא המסחרי התרכזה באזור זה. כשהגיע הצלם ההולנדי פרנק סחולטן (Scholten) באפריל 1921, הוא סייר בנמל וצילם את השינויים בדרום הנמל במהלך שלוש שנים. בצילומו ניתן לראות את שרידי קיר חומת המצודה המדורג. היום ניתן לראות את השרידים בתוך הצמחייה העבותה שלמרגלות המגדלור ששוחזר לא מכבר.