ב-27 במאי 1876 כתב חיים אמזלק, סגן הקונסול הבריטי ביפו, לקונסול בירושלים. הוא כתב כי נודע לו שהשלטונות התורכים מכרו לאזרח צרפתי את המבצר המוכר כ"מצודה האנגלית". הוא הזכיר לקונסול כי במצודה נקבר הגנרל מיצ’ל, שמת ביפו במהלך “המבצע הבריטי בסוריה”. מדובר היה בבריגדיר גנרל אדוארד תומס מיצ’ל, שנשלח בשנת 1840 לעמוד בראש כוח בריטי שסייע לעות’מאנים לדחוק מהארץ את כוחותיו של אברהים פחה. הוא חלה ומת ונקבר בחצר ‘בסטיון סידני סמית’ תחת עץ תאנה. כשנמכרה המצודה לאזרח הצרפתי, הועבר הקבר לבית הקברות האנגליקני הסמוך, ושם נמצאת מצבתו עד היום.¹

על הכוונה לבנות את בית החולים ביפו דיווח הקונסול הצרפתי בירושלים, סלבטור פטרימוני (Patrimoni), לשר החוץ הצרפתי וויליאם הנרי וודינגטון (Wadington), במרס 1878. הוא כתב כי התרומות לבתי החולים בירושלים ויפו, ותרומות שהתקבלו למוסדות צדקה, מחייבות בניית בניין ראוי לקונסוליה.² בית החולים החדש הוקם בשני שלבים, חלקו הראשון נחנך בפברואר 1881.³ במברק ששלח הקונסול פטרימוניו, לשר החוץ הצרפתי ג’ול ברטלומיי סנט הילאר, הוא דיווח לו על חנוכת בית החולים הצרפתי שבנייתו מומנה בידי פרנסואה גונה (Guinet), יצרן משי עשיר מליון, המבקש להנציח את תרומתו על ידי הענקת המבנה לממשלת צרפת.⁴ בית החולים הושלם סופית ונחנך ב-25 בינואר 1885. במברק ששלח הקונסול בירושלים, ג’ול פארי (Ferry), לשר החוץ שארל דסטרה (Destree’s), הוא דיווח על חנוכת בית החולים בידי האח הדומיניקני מאטיה לקומט (Lecomte), בנוכחות קונסול צרפת, המושל ונכבדי העיר.⁵ בית החולים החל לפעול עם ארבעים מיטות, ובמהלך השנים הורחב לכדי מאה מיטות. הוא נקרא על שמו של מלך צרפת לואי התשיעי, שהנהיג את מסע הצלב השביעי, ביצר את עכו, קיסריה ויפו, ולאחר שובו הקדיש את עצמו למעשי צדקה. בית החולים זכה להקצאה שנתית קבועה של שלושת אלפים פרנקים ממשלת צרפת,⁶ ונמסר לידי אחיות ‘מסדר יוסף הקדוש של ההתגלות’ (Soeurs de St. Joseph de L’apparatio). המסדר אינו כפוף לפטריארך הלטיני בירושלים, אלא ישירות לוותיקן ברומא.

תולדות בית החולים מתוארים בתיעוד שמסרה הנזירה מארי לואי לאדריכל רמי גיל שנשכר לתכנון בית מלון במקום.⁷ בתיעוד סופר כי פרנסואה גונה הגיע בשנת 1875 לביקור בארץ הקודש עם שניים מחבריו, והם טיילו גם בסוריה ולבנון. הם חלו בקדחת, אחד החברים מת, והשני הובהל לבית החולים הצרפתי בביירות. כשהגיעו ליפו בקרו את הנזירות של מסדר ‘סן ג’וזף של אפריסיון’ שפעלו בעיר בהוספיס שעל רציף הנמל שהוקם בשנת 1838. הן בקשו שיוקם בית חולים שיאפשר להן לטפל לא רק בצליינים, אל גם בחולי העיר העניים. גונה שראה את מצב העוני והמחסור ביפו, החליט לסייע ולתרום להקמת בית החולים. אדריכלי המבנה היו מר ריבלה (Ribellet) ומר גרבה (Grebez) מליון, על ניהול הבנייה הופקד ראש המנזר הקתולי ג’לאס (Gelas) ולצידו פעל הכומר בוסט (Bost). אחיינו פייר שהגיע לבקרו, רכש את אחוזתו של ט’איאן המרוני מול בית החולים, והפך אותו למתחם מסחרי משגשג.⁸ אבן הפינה לבית החולים הונחה בידי פטריארך הכנסייה בירושלים, ברקו (Bracco), שקידש בשנת 1884 את הכנסייה המפוארת שנבנתה בבית החולים. ראש המנזר ג’לאס מת לפני סיום העבודה, נקבר בכנסיית בית החולים, ושלט אבן מנציח אותו.

עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה, בשנת 1914, נתפס בית החולים כמו גם מבנים נוצרים סמוכים, בידי השלטונות העות’מאנים שהשתמשו בהם כמפקדות צבא ובתי חולים. לאחר המלחמה וכיבוש יפו בידי הבריטים, הוא הוחזר לנזירות. מנהל בית החולים היה ד"ר חאמזה, והרופא שפעל בהתנדבות היה ד"ר אברהם אבושדיד היהודי.⁹ הוא הוחלף בידי ד"ר קורנו הצרפתי, ומשנת 1930 בד"ר בורו שעבד במקום עד שנת 1950.

בית החולים הצרפתי מילא תפקיד גם במאי 1921 כאשר בצהרי היום הותקף ‘בית החלוץ’ הניצב צפונית לבית החולים. הוא שימש כאכסניית קליטה לעולי ‘העלייה השלישית’ שהגיעו לנמל יפו. כמאה עולים השתכנו במקום באותו יום, וביניהם יעקב ויצחק גילר שעלו ארצה שבועיים קודם לכן. כשהחלה המתקפה התארגנו הצעירים ששהו במקום להגנה בהנהגת דובה צ’רקסקי מנהלת הבית. הם שלפו מוטות ברזל מגדר המתחם והתגוננו באמצעותם והדפו את התוקפים. הפורעים פרצו את השער הראשי ופתחו במסע הרג ושוד. עשרות נפצעו וביניהם יצחק גילר. תשעה מהפצועים שהועברו לבית החולים הצרפתי נפטרו במהלך היום ולמחרת וביניהם, דודי, יצחק גילר.

בשנת 1935 תכנן האדריכל יצחק רפפורט אגף אשפוז וניתוחים חדש ומודרני בבית החולים. רפפורט שעבד לצדו של האדריכל הנודע ריכרד קאופמן, תכנן את בית החולים של ד"ר פואד דג’אני, ובשנת 1933 את בית המשרדים החדש של אנטואן בוסט מול בית החולים, כיום זהו מתחם ‘רובע יפו’ ברחוב יפת 15–13. הוא רכש את השכלתו בצרפת, ותכנן בתים לבני העילית היפואית.¹⁰ ידיעת השפה והמוניטין המקצועי שרכש, הביאו לשכירת שרותיו בידי הנזירות. בית החולים המשיך לפעול בניהול הנזירות עד שנת 1969, והעסיק רופאים יהודים. הוא הושכר למשרד הבריאות שפתח במקום את המרפאה המרכזית לבריאות הנפש שפעלה במקום עד מכירתו בשנת 1995.

היוזמה לבניית מלון על מקום בית החולים החלה בשנת 1985. אדריכל רמי גיל הציג את הנכס בפני משפחת אליאס, משפחה יהודית הודית אמידה ממוצא עירקי. הם עלו ארצה וחיפשו פרויקט ייחודי להשקעה. אדריכל גיל העלה בפניהם את האפשרות לשינוי ייעוד הקרקע, ששטחה חמישה דונמים, ממגרש שיועד לצרכי דת לאזור מלונאות ומגורים. המחשבה הייתה לשמר ולשחזר את בית החולים לצורכי מלון, ולממן את הפרויקט באמצעות תוספת מגורים. משא ומתן החל עם אם המנזר, האחות מארי לואי שהייתה ממוצא מלטזי. באותן שנים שימש המלון כבית אבות לנזירות המסדר ששרתו בארץ ושכנותיה. לאחר שבע שנים של משא ומתן, הוחכר המגרש ל-99 שנים באישור מוסדות המסדר ברומא.

אדריכל גיל והיזמים החלו במהלכים לשינוי תכנית בנין העיר, אלא שבשנת 1991 החליטה המשפחה למכור את הנכס, והוא נרכש בידי קבוצת יזמים מניו-יורק בראשות אייבי רוזן. לצוות התכנון צורף אדריכל ג’ון פוסון מלונדון, ורשת W היוקרתית העולמית עמדה לקבל לידיה את ניהול המלון. בכדי לשכן את עשרים ושמונה הנזירות שהתגוררו באגף במלון, הוכשר מבנה הצריחים של המסדר (יפת 27), אלא שמהלך השיפוצים הלכו הנזירות לעולמן, ולא היה טעם בהחזקת המבנה. הוא הוחכר לשימוש מלונאי, ואחרונות הנזירות שוכנו במנזר בקרית יערים. בכך הסתיימו מאה ועשרים שנות פעילות המסדר ביפו.

במהלך השנים מצב תחזוקת המבנה הלך והדרדר, והנזירות צבעו את המבנה והכנסייה שבתוכו בשכבת צבע פולימרי שכיסה את כל הפרטים האדריכליים. במהלך שיחזור הבניין קולפו שכבות הצבע באמצעות כלים ידניים מקצועיים, ונחשפו פרטים אדריכליים ייחודיים. נחשפה גם תקרת הכנסייה שהייתה צבועה בתכלת שמים וזרועה בכוכבי זהב, ועל הקירות נחשפו ציורים במוטיבים מלכותיים צרפתיים. הצלבים המעוטרים על הקירות הוסרו בטכס חגיגי בידי הנזירות, וחלונות הוויטראג' הצבעוני תוקנו והושלמו בידי אומן.

במהלך השנים 2008–2007 נערכו חפירות הצלה באתר ונחשפו תשע שכבות ישוב למן תקופת הברונזה המאוחרת 2 (המאה ה-13 לפנה"ס).¹¹ עיקר הממצאים יוחסו למערך הביצורים של הפינה הדרום מזרחית של יפו בימי הממלכה הצלבנית, שעליה נבנה בסטיון ‘סידני סמית’ העות’מאני. בשכבות החפירה נחשף שדה קבורה מתקופת הברונזה המאוחרת, והתקופות הפרסית וההלניסטית. כשנודע על חשיפת הקברים, החל הזרם החרדי האשכנזי הירושלמי בהפגנות ומאבק מתוקשר. הם סברו כי חברת ‘אלקטרה’ שותפה בבניית המלון, ואיימו בחרם צרכנים על החברה, ואילו החברה הודיעה כי איננה שותפה בפרויקט.¹² מספר חודשים לאחר מכן קרס קיר חומת בית החולים ברחוב לואי פסטר וגרם נזק למספק מכוניות. אהר’לה יקטר, ממובילי הפגנות החרדים, טען כי ההתמוטטות ארעה בגלל חילול הקברים.¹³

ביולי 2018 נחנך מלון ‘ג’אפה’ (The Jaffa) המפואר שהופעל בידי רשת מריוט, ובשנת 2025 הוא נמכר לרשת מלונות פתאל. במבואת המלון נותר ושומר קטע החלקלה של חומת יפו הצלבנית, כעדות לעברה המפואר של פינה זו בחומת יפו.