• הגשרים בין אתמול ומחר : ההרמנויטיקה של בחטין וגדמר מעמדת פוקו (ירושלים : האוניברסיטה העברית, 1990) <עבודת גמר (מ.א.)>
• The crying game : Lyotard, Derrida, Levinas and thought after Auschwitz (Thesis (D.Phil.)) (1997 : University of Oxford, )
• כרוניקה של פרידה : על אהבתה הנכזבת של הדקונסטרוקציה (תל אביב : רסלינג הוצאת ספרים, 2000)
• ספר, ילדות : נובלה (תל־אביב : רסלינג הוצאת ספרים, 2006)
• הביקור של חנה ארנדט (ירושלים : מכון ון ליר בירושלים : הקיבוץ המאוחד, תשס״ו 2006) <עורכת מלווה – שרון אס>
• על הפרישות : ארבע מסות (תל אביב : רסלינג הוצאת ספרים, 2009)
• רוח (תל אביב : אחוזת בית, 2012) <עריכה דנה אולמרט>
• המורה (ירושלים : כתר, 2015) <עריכה עודד וולקשטיין>
• המלנכוליה של אברהם : שיחה עם ז׳אק דרידה (תל אביב : רסלינג הוצאת ספרים, 2016)
• לקראת אוטוביוגרפיה מינורית : מסות (רמת־גן : אוניברסיטת בר־אילן ; ירושלים : כרמל, תשע״ט 2019)
• שיבת הספרות אל הממשות : הכנה לרוֹמַסָּה (תל־אביב : רסלינג, 2025)

תרגומים

• נפתולי בבל / ז'אק דרידה (תל אביב : רסלינג, 2002) <תרגום מצרפתית, מבוא וביאור – מיכל בן־נפתלי>
• סיפורי אהבה / ז'וליה קריסטבה (תל אביב : הקיבוץ המאוחד, 2006) <תרגום, ביאור ואחרית דבר – מיכל בן־נפתלי>
• מחלת ארכיב : הדפסה, רושם, רישום פרוידיאניים / ד'אק דרידה (תל־אביב : רסלינג, 2006) <תרגום מצרפתית, הערות וחתימה – מיכל בן־נפתלי>
• דרידה קורא שייקספיר (בני־ברק : הקיבוץ המאוחד, תשס״ז 2007) <תרגמה והוסיפה מבוא ומסות מבארות – מיכל בן־נפתלי>
• נדז'ה / אנדרה ברטון (תל אביב : רסלינג, 2007) <רומן> <תרגום מצרפתית – מיכל בן־נפתלי> <עריכה וייעוץ מדעי – אביבה ברק (הומי)>
• מתת מוות / ז'אק דרידה (תל אביב : רסלינג, 2008) <עריכה מדעית – אלי שיינפלד> <תרגום מצרפתית – מיכל בן־נפתלי>
• היה שלום – לעמנואל לוינס / ז'אק דרידה (בני ברק : הקיבוץ המאוחד, 2009) <מצרפתית – מיכל בן־נפתלי> <ייעוץ מדעי – רפאל זאגורי־אורלי>
• הספר העתיד לבוא : אסופה / מוריס בלאנשו (בני־ברק : הקיבוץ המאוחד, 2011) <תרגום ואחרית דבר – מיכל בן־נפתלי> <עריכה מדעית – עילי ראונר>
• את האח שלי : מכתב לאמזונה / מרינה צווטאייבה (תל אביב : רסלינג, 2012) <עריכה מדעית – מיכל גוברין> <תרגום מצרפתית – מיכל בן־נפתלי> <עריכה מדעית – מיכל גוברין> <אחרית דבר – דנה אמיר>
• שיבולת: לפאול צלאן / ז'אק דרידה (בני ברק : הוצאת הקבוץ המאוחד, 2014) <תרגום, הערות ואחרית־דבר – מיכל בן־נפתלי> <תרגומי פאול צלאן מגרמנית – שמעון זנדבנק>
• ביוגרפיה זעירה לחלום / אסתר אורנר (תל אביב : רסלינג, 2015) <תרגום, הערות ואחרית־דבר – מיכל בן־נפתלי>
• אני עושה את דרכי : ראיון עם ז'וליה קריסטבה (תל אביב : רסלינג, 2015) <תרגום. בשיתוף מירי רוזמרין>
• לא קמתי מהלילה שלי / אנני ארנו (תל אביב : רסלינג, 2016) <תרגום מצרפתית ואחרית דבר מיכל בן־נפתלי>

יצירות שנערכו

• מכתבי אהבה בירושה / לידיה פלם (תל אביב : רסלינג, 2011) <עריכה מדעית – מיכל בן־נפתלי> <תרגום מצרפתית – נורה בונה>
• דת ואלימות : דרידה והתיאולוגי־פוליטי / הנט דה וריס (תל אביב : רסלינג, 2012) <עריכה מדעית – מיכל בן־נפתלי> <תרגום מאנגלית – גורי ארד>

• ראונר, עילי, על הכתיבה המסאית של מיכל בן־נפתלי, תיאוריה וביקורת, גל' 45 (חורף 2015), עמ' 199־216

על ״נפתולי בבל / ז'אק דרידה״

• לוי, זאב, זיקוקין די־נור ספרותיים, הארץ, מוסף ספרים, גל' 557 (ג' בחשוון תשס"ד, 29 באוקטובר 2003), עמ' 10

על ״סיפורי אהבה / ז'וליה קריסטבה״

• פלגי־הקר, ענת, אחרי הכל, איננו בודדים כל כך, הארץ, מוסף ספרים, גל' 684 (ז' בניסן תשס"ו, 5 באפריל 2006), עמ' 22

על ״כרוניקה של פרידה : על אהבתה הנכזבת של הדקונסטרוקציה״

• בלומרוזן־סלע, שגית, מופע חשפנות של שני אינטלקטואלים: ניסיון להשוואה בין ספרה של מיכל בן־נפתלי "כרוניקה של פרידה" לספר "החיבוק החמקני" מאת דניאל מנדלסון, הארץ, תרבות וספרות, כ' בניסן תשס"ד, 11 באפריל 2004, עמ' ה 6
• עמיאל־האוזר, תמי, על כרוניקה של פרידה, ספרה של מיכל בן־נפתלי, פלסטיקה, חוב' 4 (2001), עמ' 207־215
• צור, שי, "היי שלום, פני את וכבר פני זכר", הארץ, מוסף ספרים, גל' 449 (ט"ז בתשרי תשס"ב, 3 באוקטובר 2001), עמ' 10
• רוזמרין, מירי, האהבה פונה אל האחר הנבדל, המשתנה, מעריב, מוסף שבת – ספרות וספרים, ה' באלול תשס"א, 24 באוגוסט 2001, עמ' 26־27
• רינון, יואב, העולם מתמצה בצלחת, הארץ, תרבות וספרות, י"א בתשרי תשס"ב, 28 בספטמבר 2001, עמ' ב 14
• שורק, עדי, מגילת רות, מגילת תלות, מגילת אחריות, רסלינג: במה חלופית לטקסטים עבריים – ספרות־תרבות, חוב' 8 (2001), עמ' 95־98

על ״דרידה קורא שייקספיר״

• ויזלטיר, מאיר, דרידה רוקד עם שקספיר, מעריב, מוסף שבת – ספרות וספרים, י"ח בניסן תשס"ז, 6 באפריל 2007, עמ' 27
• זנדבנק, שמעון, הפתיחות האינסופית של שייקספיר ודרידה, הארץ, מוסף ספרים, גל' 730 (ג' באדר תשס"ז, 21 בפברואר 2007), עמ' 14

על ״הביקור של חנה ארנדט״

• לויתן, עמוס, אמרה מיכל בן־נפתלי בשם חנה ארנדט, עתון 77, גל' 314 (תשרי תשס"ז, ספטמבר 2006), עמ' 44־45

על ״נדז'ה / אנדרה ברטון״

• צאל, נעמה, הסוריאליסט הראשון, הארץ, מוסף ספרים, גל' 766 (י"ט בחשון תשס"ח, 31 באוקטובר 2007), עמ' 6

על ״רוח״

• ניר, אלחנן, הערפל אשר שם הסבתא, מקור ראשון, שבת, גל' 779 (כ"ג בתמוז תשע"ב, 13 ביולי 2012), עמ' 19

על ״המורה״

• בר־נוי, אלעד, מסיבת סיום, ידיעות אחרונות, 7 לילות, כ"ט באב תשע"ח, 10 באוגוסט 2018, עמ' 18־19

על ״שיבולת: לפאול צלאן / ז'אק דרידה״

• סתיו, שירה, התאריך הוא קבר, הארץ, מוסף ספרים, גל' 1174 (כ' באלול תשע"ה, 4 בספטמבר 2015), עמ' 10

על ״ביוגרפיה זעירה לחלום / אסתר אורנר״

• אלמוג, רות, פצע שלא מתאחה, הארץ, תרבות וספרות, י"ט באייר תשע"ו, 27 במאי 2016, עמ' 2

על ״לא קמתי מהלילה שלי / אנני ארנו״

• בוקובזה קאהן, מישל, אמי, בתי הקטנה, הארץ, מוסף ספרים, גל' ( י"ט בתשרי תשע"ז, 21 באוקטובר 2016), עמ' 6־7
• גלר, יעל, יומן אבל, ידיעות אחרונות, 7 לילות, י' בחשון תשע"ז, 11 בנובמבר 2016, עמ' 24