ד"ר רוזנטאל במחקרו החשוב: “תשובות ר' ישמעאל… על י”ב השאלות של הקיסר נפּוֹליאון" (“תלפיות”, שנה ד', עמ' 565–587) פירסם מלבד תשובותיו של ר' ישמעאל גם תשובה של משיב אחר. אותה תשובה כוללת בתוכה השגה על תשובה אחת של ר"י. האחרון הסכים בתשובה ב' שלו שגירושין על ידי גט לא יחשבו לגמורים אם האשה לא נתגרשה גם עפ"י חוקי הממשלה, לפי שדינא דמלכותא דינא בשעה שזה אינו מתנגד לדין תורה. המשיב מתנגד לזה בכל תוקף ורואה בזה “קלקול גדול”. תשובה זו נמצאת רק בכתב־יד אחד מן השניים שהיו תחת יד ד"ר רוזנטאל.

התשובה היא חתומה: יש מאי"ן. ד"ר רוזנטאל לא זיהה את המשיב אעפ"י שהמציא את החומר הדרוש לזה. הוא מספר לנו (עמ' 566) שבאותו כתב־יד שהתשובה נמצאת בו, יש על העמוד הראשון שלו רשימה שז"ל:

כמוה"ר ישמעאל כהן אברהם יונה ז"ל Con Repliche del Rabbino. לשון הרשימה אינה אמנם ברורה כל צרכה (או שיש לנו עסק עם טעות הדפוס) וגם מדובר שם על תשובות, בלשון רבים, מכל מקום מובן שכוונתה היא שהמשיב היה ר' אברהם יונה, רב בוויניציאה, כמו שאומר שם ד"ר רוזנטאל. אמנם, הוא תופס את רא"י רק להבעלים של כתב־היד, אבל שתי תשובות בדבר: א) אם היתה כוונת בעל הרשימה לזה, היה אומר שכה"י הוא של וכו', לא “עם התשובות של” וכו'. ב) ד"ר רוזנטאל עצמו מוסר לנו ידיעה שמתוכה נראה שהמשיב והבעלים של אותו כתב־היד הם זהויים. הוא מעתיק (עמ' 571) עוד רשימה הנמצאת ג"כ באותו כתב־יד על הגליון של תשובה ב' הנ"ל, שז"ל: חלילה לומר כן ולפיכך כתבתי עד"ך (= על דבר כך?) בסוף כל התשובו' עש"ב. יש מאי"ן. המשיב בוודאי לא היה מרשה לעצמו לעשות רשימות על טופס כתב־יד שאינו שלו. הסיבה שמנעה את ד"ר רוזנטאל להכיר בזהות זו היא, שהיתה אצלו מעין הנחה קדומה שהמשיב היה תלמידו של ר' ישמעאל (עמ' 566), והרי רא"י לא היה תלמידו. מהתשובה עצמה לא רק שאין ראיה על זה, אלא ישנן ראייות גמורות שהמשיב לא היה תלמידו של ר"י. הוא מזכיר בתשובתו את ר"י כמה פעמים, אבל אינו מתייחס אליו כמו תלמיד לרב. הוא כותב: לא ידעתי לכוין אמרא¹ אהא דקאמר מר… את אשר יורני ויאמר לי הרב מהר"ק נר"ו… בקריאת הי"ב תשובות מהרב הגדול… כאשר באתי (אבוא? – מ"ו) עד שער המלך מור ניהו רבא. המליצה האחרונה היא שכיחה בספרות השו"ת מצד חכם אחד לחברו, אבל לא מצד תלמיד לרב. גם הסגנון החריף של ההשגה אינו הסגנון של השגת תלמיד על רב.

עפ"י פשט “יש” הוא רמז לישמעאל (הכהן) ו"מאי"ן" הוא קיצור של: מאברהם יונה. ואולי כיוון ב"אין" גם לדבר בלתי חשוב, על דרך: הנותן רוזנים לאין (ישעיה מ, כג), וכוונת רא"י היתה לומר שמאדם בלתי חשוב כמוהו יצא יש, דבר חשוב. רא"י היה בר הכי, לפי שאנו מוצאים לו תשובות בהלכה בספרי שו"ת שונים של רבני דורו².

בקשר עם זה מענינות הידיעות שרא"י ור' ישמעאל החליפו מכתבים זה עם זה (מהתשובה של יש מאי"ן ניכר שזה היה בא לפעמים למודינא וידע את ר"י פא"פ). אנו יודעים עוד שרא"י היה קנאי והגיב על השאלות שהובאו לפני האספה בפאריש גם בהזדמנות אחרת. משה Soave, הביבליוגרף האיטלקי מעיד שמצא בעזבונו של רא"י מכתבים מאת ר' ישמעאל וכמה מכתבים של רא"י (בעברית) שבהם הזהיר בהזהרה חמורה את חברו הצעיר ברבנות, את ר' יעקב מנחם קראקוביא, כשזה שהה בפאריש בתור חבר הסנהדרין, שאל יפתה לבבו ללכת אחרי האידיאות המנסרות בפאריש ואחרי הרוחות המנשבות שם³.

בדרך אגב, ד"ר רוזנטל כותב (עמ' 565, הערה 2): גם אחיו (של ר' ישמעאל. – מ"ו) ר' דוד כהן היה ר"מ ואב"ד במודינא. על זה אפשר להוסיף את הידיעות שר"ד היה אחיו הבכור של ר"י, שנפטר באלול תקמ"ב, ושר"י נתמנה לממלא מקומו⁴.