• משלים (תל-אביב : סיני, תשי"ז) <בחתימת: בר-אבא> <ציורים – יורני>
• משא גוג : פואמה ... (תל אביב : מעוז, אגודה לעזרת יהדות ברית המועצות, תשי"ט) <בחתימת י' גולה>
• בהחלק לילה : שירי כלא (ירושלים : מוסד ביאליק, תשכ"א 1960) <בחתימת: אלמוני>
• יצירתו של יוסף אבן אביתור : סוגים ותבניות בפיוטיו (ירושלים, תשכ"ח) <דיסרטציה -- האוניברסיטה העברית בירושלים>
• פיוטי שלמה הבבלי / יוצאים לאור בצירוף מבוא, חילופי-נוסח וביאורים בידי עזרא פליישר (ירושלים : האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, תשל"ג)
• פזמוני האנונימוס / יוצאים לאור בצירוף מבוא, חילופי-נוסח וביאורים בידי עזרא פליישר (ירושלים : האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, תשל"ד)
• שירת-הקודש העברית בימי הביניים (ירושלים : כתר, 1975) <מהדורה שנייה מורחבת יצאה לאור ב-2007 - להלן>
• היוצרות בהתהוותם והתפתחותם (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י.ל. מאגנס, תשמ"ד)
• תפילה ומנהגי תפילה ארץ-ישראליים בתקופת הגניזה (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשמ"ח 1988)
• משלי סעיד בן באבשאד (ירושלים : מכון בן צבי לחקר קהילות ישראל במזרח, תש"ן)
• יהודה הלוי ובני חוגו : 55 תעודות מן הגניזה (ירושלים : האיגוד העולמי למדעי היהדות, תשס"א 2001) <בשיתוף משה גיל>
• שירת-הקודש העברית בימי-הביניים (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית, 2007)
• השירה העברית בספרד ובשלוחותיה (ירושלים : מכון בן-צבי לחקר קהילות ישראל במזרח, תש"ע 2010) <בעריכת שולמית אליצור וטובה בארי>
• תפילות הקבע בישראל בהתהוותן ובהתגבשותן (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית, תשע"ב 2012) <בעריכת שולמית אליצור וטובה בארי>

תרגומים

• פני הרומאנטיקה : גרמניה, צרפת, אנגליה / מאת מלכה לוקר (ירושלים : מוסד ביאליק, תשכ"ב)
• עיר הסתרים : פואימה / מאת אברהם סוצקבר ; תורגמה מיידיש בידי י' גולה (תל-אביב : עם עובד, תשכ"ד 1963)

יצירות שנערכו

• מחקרי ספרות : מוגשים לשמעון הלקין (ירושלים : הוצאת הספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית, תשל"ג 1973)
• מאה שירים לחיל (תל אביב : משרד הביטחון - ההוצאה לאור, תשל"ט 1978) <בחרו ואספו מנחם ברינקר, חיים גורי, עזרא פליישר>
• מחקרים באגדה, תרגומים ותפילות ישראל : לזכר יוסף היינימן / בעריכת עזרא פליישר, יעקב י' פטוחובסקי (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית, תשמ"א)
• כתבי פרופסור חיים שירמן, 1904־1981 : רשימה ביבליוגרפית / ערכו דן פגיס, עזרא פליישר, עידכן יונה דוד (ירושלים : מוסד ביאליק, תשמ"ג 1983)
• השיר דבור על אופניו : מחקרים ומסות בשירה העברית של ימי הביניים / דן פגיס (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשנ"ג 1993)
• תולדות השירה העברית בספרד המוסלמית / חיים שירמן (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשנ"ו 1995)
• תולדות השירה העברית בספרד הנוצרית ובדרום צרפת / חיים שירמן (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשנ"ז 1997)
• משאת משה : מחקרים בתרבות ישראל וערב מוגשים למשה גיל / בעריכת עזרא פליישר, מרדכי עקיבא פרידמן, יואל קרמר (ירושלים : מוסד ביאליק, תשנ"ח 1998)
• מאה שערים : עיונים בעולמם הרוחני של ישראל בימי הביניים לזכר יצחק טברסקי / בעריכת עזרא פליישר ... [ואחרים] (ירושלים : הוצאת ספרים על שם י"ל מאגנס, תשס"א 2001)

• אליצור, שולמית, מעמקי הפרטים לפסגות השירה : דברים לזכרו של עזרא פליישר, מדעי היהדות: כתב עת של האיגוד העולמי למדעי היהדות, כרך 43 (תשס"ה-תשס"ו 2005-2006), עמ' 9-17
• ארליך, אורי, על מקומו של פרופ' עזרא פליישר בחקר התפילה, מדעי היהדות : כתב עת של האיגוד העולמי למדעי היהדות, כרך 45 (תשס"ח 2008), עמ' 123-133
• בארי, טובה, מפעלו של פרופ' עזרא פליישר בחקר שירת הקודש העברית בימי הביניים -- היבטים אחדים, מדעי היהדות : כתב עת של האיגוד העולמי למדעי היהדות, כרך 45 (תשס"ח 2008), עמ' 135-146
• גרנט, יהושע, ולא ידעו רגבים מה בתוכם : עם מותו של הפרופ' עזרא פליישר, הארץ, תרבות וספרות, י' באב תשס"ו, 4 באוגוסט 2006, עמ' 2
• גרנט, יהושע, 'בשלל צבעים, באלפי צלילים מעודנים, באותנטיות עמוקה וחדה': על פועלו של עזרא פליישר בחקר שירת החול העברית בימי הביניים, מדעי היהדות : כתב עת של האיגוד העולמי למדעי היהדות, כרך 45 (תשס"ח 2008), עמ' 147-175
• הכהן, עדן, שומר חותם הקילירי, מקור ראשון, שבת, כ"ד באב תשס"ו, 18 באוגוסט 2006, עמ' 6-7

ביבליוגרפיה

• בארי, טובה, רשימת פרסומיו המחקריים של עזרא פליישר, בתוך: לזכרו של עזרא פליישר / ערך מרדכי עקיבא פרידמן (ירושלים : האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, תש"ע), עמ' 48-72

על ״משא גוג : פואמה ...״

• מאזנים, על "משא גוג", מאזנים, כרך ט', גל' א' (סיון תשי"ט, יוני 1959), עמ' 69-72 (מדברי זלמן ארן, שופטי פרס ישראל, רחל ינאית בן-צבי, א. ראובני, ש. שלום, א. ברוידס, מ.ד., י.ג., ח. שורר, ד.ל., א.ב.י.)

על ״שירת-הקודש העברית בימי הביניים״

• בירנבוים, פלטיאל, שני ספרים על השירה העברית, הדואר, שנה 57, גל' ג' (ח' בכסלו תשל"ח, 18 בנובמבר 1977), עמ' 42-43
• Stern, David, New directions in medieval Hebrew poetry, Prooftexts, vol. 1, no. 1 (January 1981), עמ' 104-115

על "משלים", מאת בר-אבא <שם בדוי של עזרא פליישר>

• זמורה, ישראל, משלים, מאזנים, כרך ו', חוב' א (כסלו תשי"ח, דצמבר 1957), עמ' 55

על "פזמוני האנונימוס"

• יניב, א., פזמוני האנונימוס, שדמות: במה לתנועה הקיבוצית, גל' נ"ז (תשל"ה), עמ' 100